| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 71,877 | A→G | 25.4% | E176G (GAG→GGG) | yabI → | DedA family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,877 | 0 | A | G | 25.4% | 80.3 / 2.2 | 47 | E176G (GAG→GGG) | yabI | DedA family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/24); new base G (11/2); total (20/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGC‑CGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATGC‑AGAGCGGTGAGTTTA‑AATGGTTGCTGCTGGCAACAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGA‑CGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTT > NC_000913/71650‑72113 | aaCTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGC‑CGAATATTATCGTCTGCCGGCTGTGGCCGCCGTTTTTCTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGCTATTCCTGCCGGACTGC‑AGAGCGGGGGGATTA‑AATGGt > 2:260966/1‑239 (MQ=255)aaCTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGGGGCTAAATTTTTTACGC‑CGAATATTATCGGCGGCCTGCTGGGGCCGCCCTTTTACTTCCTCCCAGGGATTCTGGCGGGGC‑CGGCGCTCGGTATTCCTGCCGGAAGGG‑AGAGCGGGGAGGTTA‑AAAggg > 2:204918/1‑238 (MQ=255) cTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGGGGCTAAATTTATTACGC‑CGAATATTATCGGCTGCCTGCTGGGGCCGCCGGTTTACTTCCTGCCAGGGTTTCTGGGGGGCGACGGGGTCCGAT‑TTCCTTCCGGACAGC‑CGAGCGGGGGGTTTA‑AAGGGTtg > 2:105587/1‑239 (MQ=255) aaCATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGC‑CGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCGGCCAGGGATTCTGGAGGGCG‑CGGGGTTCGGCATTCCTCCCGGAATGC‑AGAGCGGGGCGTTTA‑AATGGTtgct > 1:297963/1‑238 (MQ=255) 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gaggggggTGGGTTTA‑AATGGTTGCTTGGGGGAACAGG‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGA‑CGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATCCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGt < 2:284905/233‑1 (MQ=255) gagagCGGTGAGTTTA‑AATGGTTGCTGCTGGCAACAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGA‑CGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGt < 1:104492/238‑1 (MQ=255) agggcgggtaGTTTA‑AAGGGTTGCTGCTGGCAACAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGA‑CGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGt < 1:737373/229‑1 (MQ=255) 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AACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGC‑CGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATGC‑AGAGCGGTGAGTTTA‑AATGGTTGCTGCTGGCAACAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGA‑CGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTT > NC_000913/71650‑72113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |