| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,027,731 | A→G | 18.3% | E204G (GAG→GGG) | ghxQ → | guanine/hypoxanthine permease, high affinity; guanine/hypoxanthine:H+ symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,027,731 | 0 | A | G | 18.3% | 131.2 / 4.3 | 76 | E204G (GAG→GGG) | ghxQ | guanine/hypoxanthine permease, high affinity; guanine/hypoxanthine:H+ symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/39); new base G (13/2); total (34/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTCG‑GCCTGGAGAAGTG‑TCGCGTACCCGGCGGGATCTTGTTG‑GTGATTATTGCAATTTCGATCATCGGCTTAATCTTTGACCCA‑GCGGTGAAATACCACGGTCTGGTGGCGATGCCAAGCCTGACTGGCGAAGATGGTAAGTCTCTGATTTTCAGCCTCGATATTATGGGTGCACTCCAGCCAACTGTACTTCCGAGTGTACTGGCATTGGTGATGACCGCAGTGTTCGACGCTACTGGCACCATC > NC_000913/3027500‑3027966 | tCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGATCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATTGGCTTGCGGGGGCTGGGGGTCTCCTTCC‑GCCTGGGGAGgtg‑t > 2:861152/1‑239 (MQ=255) aCCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGTCGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCCTCTTCG‑GCCTGGGGAAGTG‑Tcg > 1:66221/1‑239 (MQ=255) gtgtGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGGGCGTTTCCCTCCTTCCCGGTGTTGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGGC‑TCTTTGTGCCCGGGGAAGTG‑TGGGGTCGCCGTCGGGGGCttg > 2:818642/1‑239 (MQ=255) gATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTCG‑GCCTGGCGAAGTG‑TCGCGTACCCGGCGGGATCTTGTTG‑GTGATTATTg > 1:323035/1‑239 (MQ=255) tACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTCG‑GCCTGCGACAGTG‑TCGCGTACCCCGCGGGATCTTGTTG‑GGGGTTTTTGCAAtt > 1:818814/1‑239 (MQ=255) tACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCAACTTCG‑GCCTGGCGAAGGG‑TGGCGTACCCGGCGGGTATTTGTTG‑GTGGTTTTTTCAAtt > 1:175395/1‑239 (MQ=255) cGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTTG‑GCCTGGAGAAGTG‑TCGCGTACCCGGCGGGGTCTTGTTG‑GTGATTATTGCAAATTc > 1:530631/1‑239 (MQ=255) aaTTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTCG‑GCCTGGAGAAGTG‑TCGCGTACCCGGCGGGGCCTTGTTG‑GGGGTTATTGCAATTTCGa > 1:524804/1‑238 (MQ=255) tGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTGGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTCG‑GCCTGGGAGAGTG‑GGGCGGACCCGGCGGGGCATTGTTG‑GGGGTTATTGCAAattggtccacc > 2:434161/1‑231 (MQ=255) cGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGGGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTCG‑GCCTGGGGAAGTG‑TCCCGTACCCGGCGGGATCTTGTTG‑GGGGTTATTGCAATTTCGATCATCg > 1:638261/1‑237 (MQ=255) 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tcggtatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTCG‑GCCTGGAGAAGTG‑TCGCGTACCCGGCGGGATCTTGTTG‑GTGATTATTGCAATTTCGATCATCGGCTTAATCTTTGACCCA‑CCGGTGAAATa > 1:761163/1‑238 (MQ=255) ggtatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAATCCCGATTGAAGGGTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGAGATGATGAGCTTGCTGGGGCTGGCGGTCATCTTCG‑GCCTGGAGAAGTG‑TCGCGTACCCGGCGGGATCTTGTTG‑GTGATTATTGCAATTTCGATCATCGGCTTAATCTTTGACCCA‑GCGGTGAAATACCa < 1:471682/239‑1 (MQ=255) ggtatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGACGGCTTGCCAGTGGCCCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTCCTGCGGCTGGCGGTCATCTTCC‑GCCTGGAGAAGTG‑TCGCGTCCCCCGCCGGATCTTCGTG‑GGGGTTTTTCCAATTTCCGTTTTCGCCTTAATCCTTGCCCCC‑GCGGGGaaaaaac > 2:106817/1‑234 (MQ=255) 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NC_000913/3027500‑3027966 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |