| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,280,577 | A→G | 22.9% | S200G (AGC→GGC) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,577 | 0 | A | G | 22.9% | 99.6 / 3.7 | 54 | S200G (AGC→GGC) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/35); new base G (11/3); total (16/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGA > NC_000913/4280342‑4280815 | gttGCTTTCTCCGACCGATTCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAACAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAgct < 1:393502/237‑1 (MQ=255)ggTGCTTTCGCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAgc < 1:693615/238‑1 (MQ=255) tttCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTCTCCCACGTGTTTGGGTGGgcgggctg > 1:800047/1‑239 (MQ=255) tctcCGGACGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTa < 1:226188/239‑1 (MQ=255) gaccgaTGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCTCCGGGTTTTTGGGTGTCTGGCTTTACGGt > 1:628466/1‑238 (MQ=255) cgaTGCTTGTGCGTTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGtcgct < 1:139178/239‑1 (MQ=255) ctctCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTTCTGCCGGGTTTTTGGGTGGCTGGCTGTACGGTGCCTCGCTGccgtttc > 1:371335/1‑232 (MQ=255) gATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGc < 1:73360/238‑1 (MQ=255) tgttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGCCGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTCTGAAAGTGCCCATTGGCGGGATTTTTGCCCGGTTTGTGGGTGGCTTGCTGTACGCTCCGCCGCGGCGACTCTTCCGccccctgg > 2:164146/1‑233 (MQ=255) tttgggtaaGGGGGCATCCCTAAAACAATTGTGGGCATTTTGCAGGGCGAAG‑GTTGTATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGGTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 2:243830/232‑1 (MQ=255) ttgGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGCATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTTTGGTGGGATGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGCTTCCTCAGCCGCTGGGGc > 1:97883/1‑239 (MQ=255) ggCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTTTCCCCGGGTTTTTGGTGGGCTGGCTTTCAGGTCGCCCCCTCCGATTCTCCAGCCCCTCgggggg > 1:78986/1‑239 (MQ=255) gAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGGCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGCATTCTCGGCGGTTTTGTTGTGGGCTGGCGGTTAGGGCGCTCGCTTCGGTTCCCCAGCCGCTGGGGCgggtg > 1:12707/1‑236 (MQ=255) gggCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTGGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTTGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGtgatg < 1:765366/238‑1 (MQ=255) cATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCCCCGGCTTTTTGGGGAGCGGGCTGTACGGTCGCTCCCTCCGCTTTCTCAGCCGCTGGGGCGGGGGTGAAaccc > 1:620206/1‑238 (MQ=255) cATCCCGAAAAAAATCAGGGGCTTTGGGGAGGGGGAAGGGTTG‑AAGAATGACGCCTCCGGTCTGGTTTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTGCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCcg < 2:751466/239‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGGGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGCCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGTGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCa < 1:198106/239‑1 (MQ=255) tCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTc < 1:617881/239‑1 (MQ=255) tgtGGGTATTTTGGGGGGCGAAGGGTTG‑GAGAATGCGGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGGTTGCGGGGCCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGGGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTcc < 2:619487/237‑1 (MQ=255) tttGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCCCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CCCAGATCGTCCTGCTGtt > 1:440033/1‑237 (MQ=255) gagggTTG‑GTTAATGCCGCCCTCGGTCGGGTTTTGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGGGGGCATGGGGAAGATGATCTTCACCGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTc < 2:789549/235‑1 (MQ=255) aaGCGTTG‑ATGAATGACGCGTCCGGGTTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑tt < 1:872127/238‑1 (MQ=255) tggcGCCTCCGGTTTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGa < 1:682249/236‑1 (MQ=255) tggcGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGa < 1:218473/236‑1 (MQ=255) tgaCGCCTCCGGTCTGGTTTCGTTGAAGTTGGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGa < 1:240779/239‑1 (MQ=255) ccgccGGTGTGGTTTCGTGGAGGTTTGCCGTAGCAGTGGGGGTGGGGGCGATGATCTTCACCGTCGGGGGTGGGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGcc < 2:571145/236‑1 (MQ=255) tCCGGTTGGGTTTCGTTGAGTGTTGCCGTGGAGGGGGGGATGGGGCAGTTGGCCTCGCCCGTGGGGGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGa < 2:455045/239‑1 (MQ=255) gccGGTCTGGTGGCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGa < 1:738466/238‑1 (MQ=255) gtgtCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCCTTGGCGGTATTCTCGCCGGTGTTGTGGTGGGCTGGCTGTACCGTCGCTCGCTGCGATTTCCCAGGCGCTGGGGGGGGGGTGAACCCCCCG‑CGCCGCTCCGCCCGCTGTTCTCGCTGCCA‑TTCGCCTCTTCTTTGATTGcccgaccaacttg > 2:504212/1‑228 (MQ=255) ttGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTGTGGTGGGCTGGCTGGACGGTCGCCCGCTGCGGTTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGATGAACCCGCGA‑CGCCGATCGTCCCGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCCCTTCTTTTCTGATTTCCGGACAAATTgggggtt > 1:236412/1‑233 (MQ=255) tGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGCATTCTCGCCGGGTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCCGCCGCTGGGGCGGGGGTGAACCCCCGA‑CCCAGATCGTCCTTCTGTTCCTCCCGCCC‑TTCCCCTCTTATTTGATTGCCCGACAAATTGGGGTTTCCGGGATcc > 2:429620/1‑239 (MQ=255) gCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTGTGGGGGACTGGCTGTACGGGCCCTCCGTCGCATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGGTGAACCCCCGAGCGC‑GAGCGGCCCGCCGTTCCTGCCGCCATTTCCCTCTTTATC‑GATTGCCGAAAAAATTTGCGTTTCCCGcccccccccgcg > 2:817064/1‑228 (MQ=255) gttGGGGACGTTGTTCTTTCCCGTCGGGGGTGGGACGGTCGAATTTATGAAAGTGGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCACCCTCGCTGCGGTTgccg < 2:236412/237‑1 (MQ=255) aCGTTGATCTTCCCCTTCGGGGTTGGGGCGGTCGAATTTATGAAATTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGa < 2:820318/238‑1 (MQ=255) cGATGATCTTCCCCGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGGCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGTATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGAt < 1:802704/238‑1 (MQ=255) cGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTTTGGGGAGCTGGCTGTAAGGTCGCTCCCTGCGGTTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGGGGAACCCCCGC‑GGCGCACCGTCCGCCTTTTCCTCCGGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTTCCGGAAAAATTTGGGTTTTCCGCATCCCCCCTCCGGTTTCCCCCgggtgg > 2:210067/1‑236 (MQ=255) atCTTCCCCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGGACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGAcc < 1:28378/237‑1 (MQ=255) tcgccGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCCCGCCGGTTTTGGGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCAcc < 1:164146/236‑1 (MQ=255) tCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTGGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCAcc < 1:226730/239‑1 (MQ=255) gggggcgtTGGGACGGGCGAATTTTTGAAGGGTGCCTTTGGTGGTATTCTCGCCGGTGTTGTGGTGAGCGGGCTGTACGGGCGCTCGGTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGGGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑GTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTc < 2:568097/236‑1 (MQ=255) cggcggTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTTTCCCCGGATTTGTGGTGGGCTGGCTGTACGGGTCCTCGCTGCGGTTCCTCCGCCGCTCGGGGGGGGGTGGACCCGCGC‑CGCCGAACGTCCCGCTGTTTCTGGTTCCC‑TTTCCCTCTTTTTTGCTTGCCCCACCAATTTGCGTTTCCGGCACCCCCCCCGCGGTTGCCGCCGGGGGGAAAATCACCCCCTCCg > 2:392338/1‑239 (MQ=255) ttcGAGGGTTGAAGTTATGCAAGGCGCCATTGGCGGTAGTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCCCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGTCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGtgtg < 1:883354/236‑1 (MQ=255) tcaCGGTGGAATTTTTTAAAGTGGCCCTTGGGGGTTTTCTGGCCGGTTTTGGGGGGGGGTGGCTGGACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGAt < 2:628466/236‑1 (MQ=255) ggctgttggAATTTTTGGTAGTGGCTGTTGGCGGTTTTCTCGCCGGTTTGGTGGGGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑GGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGAtg < 2:78986/231‑1 (MQ=255) cGACGGTGGAATTTATGAAAGTAGCCATGGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGAt < 1:31851/238‑1 (MQ=255) tCGAATTTATGAAAGGAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCACCACCAGCGccagcgcg < 1:286635/230‑7 (MQ=255) aTGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCt < 1:244296/239‑1 (MQ=255) tGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTGTGGTGAGGTGGCTGTAAGGTCGCTCGCTTCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGGGGTGAACCCCCCA‑CGCAGATAGGCCTGCCGTTCCTGCTTCCA‑TTCGCTTCTTTTCTGCTTGACGCACCTATTTGCGTTTCCGGCATTCTCCCTGAGGGTTCCTCCGGGACGACCCTCCACCCCGCCCGGGTGAagcgccgggtgcccccg > 2:136908/1‑235 (MQ=255) gggTTTTCCCGCCGGTTTGGTGGGGGGCCGGCGGTGCGGGCCGTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGt < 2:571357/237‑1 (MQ=255) gttttttcGCCGGTTTTTGGGTGGGCGGGGTGTCCGGTCGCTCCTCGCTTTTCCTCCGCCGCTGGGGGGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCGGCCA‑TTCGCGTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCa < 2:581353/233‑1 (MQ=255) aTTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGGTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 1:210067/239‑1 (MQ=255) aTTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 1:85433/239‑1 (MQ=255) ttCCCGCCGGTTTTGGGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCCGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCaaa < 1:688625/238‑1 (MQ=255) tttGGGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTggg < 1:136908/238‑1 (MQ=255) aGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGGGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGa > 1:53268/1‑239 (MQ=255) | GGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTG‑ATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGA‑CGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCA‑TTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTGGGCGATGCTGGA > NC_000913/4280342‑4280815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |