| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 71,877 | A→G | 27.2% | E176G (GAG→GGG) | yabI → | DedA family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,877 | 0 | A | G | 27.2% | 47.0 / 3.5 | 31 | E176G (GAG→GGG) | yabI | DedA family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/19); new base G (7/2); total (10/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATG‑CTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATA‑TTATCGGCTGCCTGCTGTGG‑CCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATC‑GATATTCCTGCCGGAATGCAGAGCGGT‑GAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAA > NC_000913/71660‑72099 | gCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGTATG‑CTGGATCTGCCGGTGGCCCAATTTATTCCGCCGACTA‑TTTACGGCTGCCTGCTGTGG‑CCGCCGTTTTTCTTCTTGCCAGGGATTTTGGCGGGCGCGGCCGTCGGATTTTCTTCCCGGAAT‑CAGAGCGGTGGGGTTTaaag > 2:209057/1‑226 (MQ=255) cGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATG‑CTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATA‑TTATCGGCTGCCTGCTGTGG‑CCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGGTC‑GCTATTCCTGCCGGAATGCCGAGCGGG‑GGGTTTAAATggc > 1:155575/1‑227 (MQ=255) 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1:293514/228‑1 (MQ=255) | GCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATG‑CTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATA‑TTATCGGCTGCCTGCTGTGG‑CCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATC‑GATATTCCTGCCGGAATGCAGAGCGGT‑GAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAA > NC_000913/71660‑72099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |