| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 175,537 | T→G | 26.2% | V144G (GTG→GGG) | clcA → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 175,537 | 0 | T | G | 26.2% | 81.8 / 4.4 | 49 | V144G (GTG→GGG) | clcA | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/30); new base G (13/2); total (17/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.63e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGC‑GGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGT > NC_000913/175302‑175759 | ggggCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGCAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGGGGATTGCCGGGGAAGGTCTTTGGAGGGGTGGGGACACTCGGAGGAGGCATGGGGtt > 1:757674/1‑239 (MQ=255) gcgcTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTGGCTGGTGGCGGGGATTGCCGGGGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGGAACCCGGCGGCGGCATGGGGTTggg > 1:760162/1‑239 (MQ=255) gcgcTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTAGGGGGTCCCGGAGATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGGGGCGGGGATTGCGGGGGAAAGTTTTTTGCGGGGTGGGGACACTGGGGGGGGGCATGGGGGTggg > 2:394344/1‑239 (MQ=255) cgcTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGGGGATTGCCGGGGGAGTTTTTTGGTGGGCGGGGGGCACCCGGGGGGGGGATGGTGGTgggg > 2:225739/1‑239 (MQ=255) cTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGGTGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGGAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGGGTAGTGCCGGGGAAGTTCTTTGGCGGGCGGGGGGCCCTCGGGGGGGGGACGGGGGTgggggt > 2:96952/1‑237 (MQ=255) 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GGGGCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGC‑GGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGT > NC_000913/175302‑175759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |