| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,791,798 | A→C | 21.8% | T176P (ACC→CCC) | gabD → | succinate‑semialdehyde dehydrogenase I, NADP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,791,798 | 0 | A | C | 21.8% | 100.0 / 2.9 | 69 | T176P (ACC→CCC) | gabD | succinate‑semialdehyde dehydrogenase I, NADP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/23); new base C (7/11); total (35/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAGGGTAAACCACTGGCCGAAGCGAAAGGCGAAATCAGCTACGCCGCCTCCTTTATTGAGTGGTTTGCCGAAGAAGGCAAACGCATTTAT‑GGCGACACCATTCCTGGTCATCAGGCCG‑ATAAACGCCTGATTGTTATCAAGCAGCCGATTGGCGTCA‑CCGCGGCTATCACGCCGTGGAACTTCCCGGCGGCGAT‑GATTACCCGCAAAGCCGGTCCGGCGCTGGCAGCA‑GGCTGCACCATGGTGCTGAAGCCCGCCAGTCAGACGCCGTTCTCTGCGCTGGCGCTGGCGGAGCTGGCGATCCGCGCGGGCGTTCCGGCTGGGGTATTTAACGTGGTCACCGGTTCGGCGGGCGCGGTCGGTAACGAACTGACCAGTAACCCGCTGGTGCGCAAACTGTCG‑TTTACCGGTTCGACCGAAATTGGCCGCCAGTTAATGGAACAGTGCGCGAAAGACATCAAGAAA > NC_000913/2791563‑2792025 | ccgggtgaaaCCTCTGGCCGAAGCGAAAGGCGAAAACAGCTCCGCCGCCTCCTTGTTTGGGTGGTTTACCGAAGAAGGCAAACGCTTTTAG‑GGCGACACCATCCCTGGTCATCACGCCG‑ATAAACGCCTGATTGTTATCAAGCAGCCGATTGGCGTCA‑CCGCGGCTATCACGCCGTGGAACTTCCCGGCGGCGAT‑GATTACCCGCAAAGCCGGTCCGGCGCTGGCAGCA‑GGCTGCACCa < 2:134727/232‑1 (MQ=255) 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ggTAAACCACTGGCCGAAGCGAAAGGCGAAATCAGCTACGCCGCCTCCTTTATTGAGTGGTTTGCCGAAGAAGGCAAACGCATTTAT‑GGCGACACCATTCCTGGTCATCAGGCCG‑ATAAACGCCTGATTGTTATCAAGCAGCCGATTGGCGTCA‑CCGCGGCTATCACGCCGTGGAACTTCCCGGCGGCGAT‑GATTACCCGCAAAGCCGGTCCGGCGCGGGCCGCA‑GGCGACACCATgtc > 1:478375/1‑237 (MQ=255) ggTAAACCACGGGCCGAAGCGAAAGGCGAAATCAGCTCCGCCGCCTCCTTTATTGAGTGGTTTGCCGAAGAAGGCAAACGCATTTAT‑GGCGACACCATTCCTGGTCATCAGGCCG‑ATAAACGCCTGATTGTTATCAAGCAGCCGATTGGCGTCA‑CCGCGGCTATCACGCCGTGGAACTTCCCGGCGGCGAT‑GATTACCCGCAAAGCCGGTCCGGCGCTGGCAGCA‑GGCTGCACCa < 1:365064/235‑1 (MQ=255) ttAAACCCCGGGCCGATACTGAAGGTGAAATCAGCCTCGCAGCCTCGTTATCTGAGTGGGTGGCCGAAAAAGGCATACGCATTTAT‑GGGGACACCTTTCCTGGTCATCAGGCCG‑ATAAACGCCTGATTGTTATCAAGCAGCCGATTGGCGTCG‑CCGCGGCTATCATGCCGTGGAACTTCCCGGCGGCGAT‑GATTACCCGCAAAGCCGGTCCGGCGCTGGCAGCA‑GGCTGCACCATg < 2:347547/235‑1 (MQ=255) 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< 1:798264/192‑1 (MQ=255) aCGCCGTGGAACTTCCCGGCGGCGAT‑GATTACCCGCAAAGCCGGTCCGGCGCTGGCAGCA‑GGCTGCACCATGGTGCTGAAGCCCGCCAGTCAGACGCCGTTCTCTGCGCTGGCGCTGGCGGAGCTGGCGATCCGCGCGGGCGTTCCGGCTGGGGTATTTAACGTGGTCACCGGTTCGGCGGGGGCGGTCGGGAACGAACCAACCCGGAACCCCCCGGTGGGCGAACCGGCG‑GTTACCgg > 1:553557/1‑239 (MQ=255) gccgggggACCTCCCCGGCGGAGAT‑GATGACCCGCAAACGCGGCCCGGCGCTGGCAGCA‑GGCTGCCCCTTGGTGCTGACGCCCGCCAGTCAGACGCCGTTCTCTGCGCGGGCGCTGGCGGAGCTGGCGATCCGCGCGGGCGTTCCGGCTGGGGTATTTAACGTGGTCACCGGTTCGGCGGGCGCGGTCGGTAACGAACTGACCAGTAACCCGCTGGTGCGCAAACTGTCG‑TTTACCGGt < 2:619638/233‑1 (MQ=255) gccggTGGCACTTCCCGGCGG‑GATGGTTTGCCCGCAAAGCGGTGCCGGCGTGGGCGGCG‑GGTTCCACGATGGTGCTGAGGCCCGGCAGTCAGGCGGCGGTCGCTGCGGTGGCGCTGGTGGAGCTGGCGATCCGCGCGGGCGTTCCGGCTGGGGTATTTAACGTGGTCACCGGTTCGGCGGGCGCGGTCGGTAACGAACTGACCAGTAACCCGCTGGTGCGCAAACTGTCG‑TTTACCGGt < 2:173593/235‑1 (MQ=255) 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cAAAGCCGGTCCGGCGCTGGCAGCA‑GGCTGCACCATGGTGCTGAAGCCCGCCAGTCAGACGCCGTTCTCTGCGCTGGCGCTGGCGGAGCTGGCGATCCGCGCGGGCGTTCCGGCTGGGGGATTTAACGTGGTCACCGGTTCGGCGGGCGCGGTCGGTAGCGCACTGCCACGTAACCCGCTGGTGCGGCAACCGGCG‑GTTACCGGTGTGACCCAAACTGACCGCCAGTTAAAGGaagcag > 2:572776/1‑235 (MQ=255) cGGTCCGGCGCGGGCCGCA‑GGCTGCACCATGGTGCTGAAGCCCGCCAGTCAGACGCCGTTCTCTGCGCTGGCGCTGGCGGAGCTGGCGATCCGCGCGGGCGTTCCGGCTGGGGTATTTAACGTGGTCACCGGTTCGGCGGGCGCGGTCGGTAACGAACTGACCAGTAACCCGCTGGTGCGCAAACTGTCG‑TTTACCGGTTCGACCGAAATTGGCCGCCAGTTAATGGAACAGTGCGCGa < 1:295768/239‑1 (MQ=255) tCCGGCGCGGGCGGCC‑GGCTGCCCCATGGTGCTGAAGCCCGCCAGTCAGACGCCGTTCTCTGCGCTGGCGCTGGCGGAGCTGGCGATCCGCGCGGGCGTTCCGGCTGGGGTATTTAACGTGGTCACCGGTTCGGCGGGCGCGGTCGGTAACGAACTGACCAGTAACCCGCTGGTGCGCAAACTGTCG‑TTTACCGGTTCGACCGAAATTGGCCGCCAGTTAATGGAACAGTGCGCGaaa < 1:614002/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |