| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,287,639 | A→C | 17.1% | T72P (ACT→CCT) | yraH → | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,287,639 | 0 | A | C | 17.1% | 164.8 / 3.3 | 82 | T72P (ACT→CCT) | yraH | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/27); new base C (6/10); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAAGGATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCTATGGCTGGAAACGCGAGATAATGGCACCGTCCCTAACTTCCCTAATCTGGCAAAAGTAGGCTCTTTTGCTGGCATAGCGGCAACAGGTGTGGGTATCCGTATTGACGATGCGGAAAGCGGAAACATTATGCCACTGAATGCTATGGGCAATGATAACA > NC_000913/3287408‑3287870 | aCAAGGATAAGGTTATATATGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGCAAATTGAAGTTGCTCTTGTTCACTATAATGCCGAAAAGTTTCGTAATATTTGCTAGCGTGGCCCAAAAAATCCATTCaacatt > 2:481990/1‑232 (MQ=255) tttttttatGAATAAAGTTACAAATACACTTAATGCGGGCTTTCTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAAc < 2:825356/232‑1 (MQ=255) tatatGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGTTAAGAAAATTGAATTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCTAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAAATCCCTTACCTATTCTTTTAGTTAACTGccc > 2:712805/1‑239 (MQ=255) tatatGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAAATCCATTCACAATTCCTTTAGTTAAATGccc > 2:441000/1‑239 (MQ=255) tatatGAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATCCCGAACAGTTTCTAAATATGGGCGAGCGTGGCCCAAAAATTCCATTCCCTATCTCTTATGTTAACGGcca > 2:575806/1‑238 (MQ=255) atatGAATAAAGTTAAAAAAACAGGTATTGCGGGCTTAATTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCa < 1:441000/239‑1 (MQ=255) gAATAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAACCCAAAAATACCATTCAAAATTCCTTTAGTTAAAGGCCCaagg > 2:420699/1‑236 (MQ=255) actAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAAAAGTTTCGTAATATTGACGAGCGTAGCCCAAAAAATCCATTCACAATTCTTTTTTATAACTGCCAAAAGag > 2:880233/3‑238 (MQ=255) aaTAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGTCGAGCTTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCACTGAc > 1:868068/1‑239 (MQ=255) aaTAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCTTAGCCCAAAAATTCCATTAACTATTCCTTTATTTAAATACCCaaacac > 2:4172/1‑235 (MQ=255) aaTAAAGTTACAAAAACAGCTATTGCGGGCTTACTTGCGCTTTTCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCCAAAATTCCAATCACTATTCCTTTATTTTACTGCCCAAtaaa > 2:304576/1‑236 (MQ=255) 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1:331679/1‑196 (MQ=255) ttCGCAGGTAATGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGa < 2:331679/196‑1 (MQ=255) gCAGGTTATTCCCGTGTAACCGTTGGTGAAATAAGTTTGTAAT‑GCGAGATTTTAAAATCCGCTTGGGAAATCAATGAATCTGATAAGAAAATTGAAGTTGGTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCt < 2:460127/239‑1 (MQ=255) aTGCCGCTGCAACCGATGGTGAAAT‑AGTTTTTGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGTGCCCGATAACGGCAACGTTGAAACGTCTTTCCGTCTATggtgg > 2:565946/1‑236 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |