| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,599,596 | A→G | 11.1% | A21A (GCT→GCC) | livJ ← | branched‑chain amino acid ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,599,596 | 0 | A | G | 11.1% | 147.3 / 2.2 | 62 | A21A (GCT→GCC) | livJ | branched‑chain amino acid ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/22); new base G (4/4); total (35/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
ACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGAT > NC_000913/3599365‑3599834 | aCCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCatat > 1:283833/1‑239 (MQ=255)aCCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCCCCGGGAAACTCCTGGTCACGGTACTGCGCAACCGGCCCGGCCATTGCG‑CCACCACCGCCGCCTTACATACCTCCTCCAAGAGCCaaat > 1:784324/1‑239 (MQ=255) tatTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGCTATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAACCTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTTATATCATCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATg > 1:547232/1‑238 (MQ=255) tatTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGCCATTGGGCCCCCGCCCG‑CGCCTTTAACAACTTCTGCCAAAGCCATATTGCtacaac > 2:311663/1‑233 (MQ=255) ttAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATGGCGCCCACGACCG‑CGCATTTAATATCTTCTGCCCAACCCAAATTGCTGAATTcccg > 2:398233/1‑237 (MQ=255) aaTGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCCACCGAACCGGACATTGCGCCCCCGCCCG‑CGACTTTCATATCTTCTCCCAAGGCCATATTCATGAAACCCAgg > 2:525322/1‑237 (MQ=255) aaTGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAgc > 1:198010/1‑238 (MQ=255) ccGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGCCCG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGAt > 1:462849/1‑239 (MQ=255) gtcgtTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTCCTGCGCACCCGGACCGGCCATTCGGCCCACGACCG‑CGACCTTAATATCTTCTGCCAGACCCATATTGCTGAATGCCACCGCGATAc > 1:544735/1‑239 (MQ=255) tcgtTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATCTCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCAGCCCGGCCCTTGCGCCCACGACCC‑TGACCTTCATATCTTTTTCCAGAGCCAATTGGTTGAATGCCAGcgcgcaaa > 1:233487/1‑234 (MQ=255) 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gTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTATTATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCCCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCAttct > 1:570588/1‑237 (MQ=255) tACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGttattc > 1:656366/1‑238 (MQ=255) acgtttggccttttGTGGCTTTTAATCCCGCTTTTT‑GCGTGTATCCCCC‑CA‑CCCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTAc < 1:330805/228‑1 (MQ=255) 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ccggaccggaCAGTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTAATATCTTCGGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTAt < 1:311663/239‑1 (MQ=255) gacATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTCCGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTAtt > 1:900300/1‑167 (MQ=255) ttGCGCCCACGCCCG‑GGGTTTTAATATCTGCTGCCAGGGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACAACCTGCCAGTAACGCTTTTCCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATa < 2:734465/239‑1 (MQ=255) tGCCCCCACGCCCG‑TTATTTTAATATTCTCTGCCAGGGCCATTTTGCTGAATGCCCGCGCGATACATCCGGCCAGTAACGCTTTACCTTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAg < 2:97906/239‑1 (MQ=255) ccG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGAc < 1:561183/238‑1 (MQ=255) cgACTTTAATATCTTCTGCCAGGGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCt < 2:726959/192‑1 (MQ=255) cgACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACgt < 2:489616/117‑1 (MQ=255) cgACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACgt > 1:489616/1‑117 (MQ=255) cgACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCCTACTCTGCTAAACCATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTAtttttcaagtt > 2:83078/1‑232 (MQ=255) cgACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCt > 1:726959/1‑192 (MQ=255) agCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGCTATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGAt > 1:416327/1‑239 (MQ=255) | ACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGGTCACAGGCATCGTCATATTTTACGATTTGCAGTTTGTTGCCTTTAATGCCGCCTTTA‑GCGTTGATATCCG‑CA‑ACCGCCTGCTCTGCGCCGGTAAACTCCTGGTCACCGTACTGCGCAACCGGACCGGACATTGCGCCCACGACCG‑CGACTTTAATATCTTCTGCCAGAGCCATATTGCTGAATGCCAGCGCGATACATCCTGCCAGTAACGCTTTACCCTTTATGTTCATCCTGAGAATCCCCATTCTTCTGGTTATTACGTGTGTTGTGATGTTGTTTTTCAGCACTTTATTTCGTTTTATGCATGACTACCCGTGCTTTAGCAGCATACTCTGCTAAAACATACCCGATTTTTATGATATTGGAATAGCTATTTTGACAGTTTATTAACAATCTGCGTGGGGAT > NC_000913/3599365‑3599834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |