| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,979,486 | IS5 (+) +4 bp | intergenic (‑271/‑264) | insA ← / → uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1979486 = | 0 (0.000) | 74 (1.560) | 56/284 | 0.0 | 100% | intergenic (‑271/‑267) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1979489 | 0 (0.000) | 67 (1.420) | 42/284 | 0.1 | 100% | intergenic (‑274/‑264) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979627‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCATTTCTTTGTATTTAATTAGG > 2:264461/1‑143 ATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATA‑AACATTAAGTCGAATGCTCCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGG > 1:316086/1‑143 ACTCCCGGTGATGATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAG < 2:287707/143‑1 TCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATTAGAGTATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATAGATGTAAAACATTTCAGT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTACCTTGTATTTAATTAGGGAAGGT > 2:344743/1‑143 TCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCATTATTTGTATATAATTAGGGAAGGa > 2:485404/1‑142 CCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGC < 1:215496/143‑1 CCGGTGAGCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGC < 1:695835/143‑1 ATATAATTTCAAATGGAATTATAAGAAAATAGTGTACTGACTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTACTTAGAGAAGGTGCGAATAAGCG > 2:723026/1‑143 TATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGG > 2:82178/1‑143 TATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGGTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGG < 1:105491/143‑1 AATTTCAAATGTAATTATAAGAAACTAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTCATATATGTAAAACTTTTCATT‑AACATTACGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAAGTCCGAATAAGCGGGGA > 2:400141/1‑143 TTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAA > 2:552936/1‑134 TTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAA < 1:552936/134‑1 AATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGACGGTGCGAATAAGCGGGGCAATTCTT > 1:689534/1‑143 AATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT < 2:732607/143‑1 AGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTC < 1:203953/143‑1 GAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCA > 1:44054/1‑143 GAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCA < 1:500971/143‑1 GAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCA > 2:567082/1‑143 AAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAG < 2:506688/143‑1 AAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGT < 1:96325/143‑1 aTGTACTGATTCTCCGCATTAAAAAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTT < 2:589540/142‑1 GTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTT < 1:332990/143‑1 TACTGATTCTCAGCATTAAAGAAGTGGTTAATATATGTAAATCATTTCGTT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCGTTTCTTTGTATTTAAGTAGGGAAGGTGCGAATACGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCAT < 2:123204/143‑1 ACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATT > 1:395273/1‑143 CTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGCCTTAGTCATATCATTT > 2:685716/1‑143 CTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTT < 1:245529/143‑1 TGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTAAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTC > 2:98499/1‑143 GATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCT > 2:174344/1‑143 ATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT < 2:149721/143‑1 TTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTC < 2:584538/143‑1 TCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCA < 2:115789/143‑1 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CATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTAATTTCATTTCTTCATGTTTG > 1:681485/1‑143 ATTAAACAAGTGGTGAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGA < 1:419718/143‑1 TTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAG < 1:307494/143‑1 GTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGTGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTT < 2:288252/143‑1 GTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTT < 1:153749/143‑1 tGTTAATTTATGTAATACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGTGAAGGTGGGAATATGCGGGGTAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTT < 2:21376/142‑1 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AAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAACTGCC > 1:100762/1‑143 AACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCT > 1:241722/1‑143 ATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTAGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAG > 1:449007/1‑143 T‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCC > 1:326299/1‑143 ATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATT > 1:587646/1‑143 TTGATTGTTGTCGTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACC < 1:290191/143‑1 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TATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTAAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCGTTTAAGGC > 1:646440/1‑143 TTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT < 2:407788/143‑1 TTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGGTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 2:825373/1‑143 gttgcAGGGAAGGTTCGAATAGTCGGGGAGATTCTTCTCGGCTGGCTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTA < 2:779311/138‑1 TAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTA < 1:145596/143‑1 ATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 1:407152/143‑1 AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC < 1:774501/143‑1 AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC > 1:574773/1‑143 GGGGAGGTGCGGATAGGGTGGGATATTCTTCTCGGCTGACTCTGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGTCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 2:658955/143‑1 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 1:8178/143‑1 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > 1:840488/1‑143 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 1:500734/143‑1 AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATT‑AACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979627‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |