| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,670,360 | A→G | 5.4% | M257V (ATG→GTG) | treF → | cytoplasmic trehalase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,670,360 | 0 | A | G | 5.4% | 301.6 / 2.1 | 96 | M257V (ATG→GTG) | treF | cytoplasmic trehalase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/35); new base G (3/3); total (57/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTCACCATGCTGGGGCTGGCGGAAAGTGGTCGGGAAGATTTGCTGAAATGCATGGCCGATAACTTCGCCTGGATGATCGAAAACTACGGTCACATCCCCAACGGCAACCGCACCTATTATTTGAGCCGCTCGCAACCACCGGTTTTTGCGCTGATGGTGGAGTTGTTTGAAGAAGATGGTGTACGCGGTGCGCGCCGCTATCTCGACCACCTTAAAATGGAATATGCCTTCTGGATGGACGGTGCAGAATCGTTAATCCCTAATCAGGCCTATCGCCATGTTGTGCGGATGCCGGACGGATCGCTGCTCAACCGTTACTGGGACGATCGCGACACGCCGCGTGACGAATCCTGGCTTGAGGACGTTGAAACCGCGAAACATTCTGGTCGCC‑CGCCCAACGAGGTG‑TACCGCGATTTACGCGCGGGGGCGGCCTCCGGTTGGGATTACTCTTCCCGTTGGCTGCGTGAT > NC_000913/3670126‑3670593 | ttccccagtgtGGGGCTGGCGGAAAGTGGTCGGGAAGATTTGCTGAAATGCATGGCCGATAACTTCGCCTGGATGATCGAAAACTACGGTCACATCCCCAACGGCAACCGCACCTATTATTTGAGCCGCTCGCAACCACCGGTTTTTGCGCTGATGGTGGAGTTGTTTGAAGAAGATGGTGTACGCGGTGCGCGCCGCTATCTCGACCACCTTAAAATGGAATATGCCTTCtggatgga < 1:571626/229‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |