| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 335,249 | G→A | 8.1% | intergenic (‑227/‑31) | yahC ← / → yahD | putative inner membrane protein/ankyrin repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 335,249 | 0 | G | A | 8.1% | 579.9 / 3.6 | 201 | intergenic (‑227/‑31) | yahC/yahD | putative inner membrane protein/ankyrin repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (106/72); new base A (2/16); total (109/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.21e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GAGTCCGTTCATCTTGTTCCCCTCTGGTTAGACATGGACGAAAGCTACTCTTACATGTGCAGACTATAGAGAAATAAAACCTGATTGAGTGAAAGGGTATCGGGTCAAAGAAACAAATATTGCACTACCGCACACTGCGAAAAGATTGTTGAATATTATTCAACAAAAAGGCGAGATACGGCG‑AATTAAATTTAAGCGGGTTCTTTTATCAGATTATCGTTGCTATTCTCAATTCATCGAAAA‑CAGC‑CACAAAAACCAGGGGAATGTGAATGAGTATAAAAAATCTACCTGCCGACTATTTATTGGCTGCACAACAGGGTGATATCGATAAAGTAAAAACCTGCCTTGCGCTGGGTGTCGATATTAATACCTGCGATCGTCAGGGGAAAACGGCAATTACGCTGGCAAGTTTATATCAGCAATATGCTTGCGTTCAGGCATTAATTGATGCCGGAGCGGATATTAATAAGCAAGAT > NC_000913/335011‑335486 | gAGTCCGTTCATCTTGTTCCCCTCTGGTTAGACATGGACGAAAGCTACTCTTACATGTGCAGACTATAGAGAAATAAAACCTGATTGAGTGAAAGGGTATCGGGTCAAAGAAACAAATATTGCACTACCGCACACTGCGAAAAGATTGTTGAATATTATTCAACAAAAAGGCGAGATACGGCG‑AATTAAATTTAATCGGGTTCTTTTATCAGATTATCGTTGCTATTCTCAATTCATCg > 1:573524/1‑239 (MQ=255) ccTCTGGTTAGACATGGACGAAAGCTACTCTTACATGTGCAGACTATAGAGAAATAAAACCTGATTGAGTAAAAGGGTATCGGGTCAAAGAAACAAATATTGCACTACCGCACACTGCGAAAAGATTGTTGAATATTATTCAACAAAAAGGCGAGATACGGCG‑AATTAAATTTAAGCGGGTTCTTTTTTCAGATTATCGTTTCCTTTCTCAATTCATTAAAAA‑AAGCACACaaaaccag > 2:517826/1‑235 (MQ=255) tttGGTTAAAAATGGAAGAAAGCTTCTCTTAAATGTGCAGACTAGAGAAAAACAAAACCTGATTGAGGAAAAGGGTATCGGGTAAAAGAAACAAATATTGCAATACCGCACACTGCGAAAAGTTTGTTGAATATTATTCAACAAAAAGGCGAAATACGGCG‑AATTAAATTTAAGCGGGTTCTTTTATAAGATTATCGTTGCTATTCTCAATTCATCGAAAA‑CAGC‑CACAAAAACCAggg < 2:620532/237‑1 (MQ=255) tctGGTTAGACATGGACGAAAGCTACTCTTACATTTGCAGACTATAGAGAAATAAAACCTGATTGAGTGAAAGGGTACCGGGTCAAAGAAACAAATATTGCACTACCGCACACTGCGAAAAGATTGTTGAATATTATTCAACAAAAAGGCGAGTTACGGCG‑AATTAAATTTAAGCGGGTTCTTTTATCAGATTATCGTTGCTATTCTCAATTCATCGAAAA‑CAGC‑CACAAAAACCAggg < 1:1230324/239‑1 (MQ=255) tctGGTTAGACAGGGACGAAAGCTAATCTTACATGTGCAGACTATAGAAAAATAAAACCTGATTGAGTGAAAGGGTATCGGGTCAAAGAAACAAATATTGCACTACCGCACACTGCGAAAAGATTGTTGAATATTATTCAACAAAAAGGCGAGATACGGCG‑AATTAAATTTAAGCGGGTTCTTTTATCAGATTATCGTTGCTATTCTCAATTCATCGAAAA‑CAGC‑CACAAAAACCAggg < 1:517826/239‑1 (MQ=255) gTTAGACATGGACGAAAGCTACTCTTACATGTGCAGACTATAGAGAAATAAAACCTGATTGAGTGAAAGGGTATCGGGTCAAAGAAACAAATATTGCACTACCGCACACTGCGAAAAGATTGTTGAATATTATTCAACAAAAAGGCGAGATACGGCG‑AATTAAATTTAAGCGGGTTCTTTTATCAGATTATCGTTGCTATTCTCAATTCATCGAAAA‑CAGC‑CACAAAAACCAggg < 1:175939/235‑1 (MQ=255) aGACATGGACGAAAGCTACTCTTACATGTGCAGACTATAGAGAAATAAAACCTGATTGAGTGAAAGGGTATCGGGTCAAAGAAACAAATATTGCACTACCGCACACTGCGAAAAGATTGTTGAATATTATTCAACAAAAAGGCGAGATACGGCG‑AATTAACTTTAAGCGGGTTCTTTTATCAGATTATCGTTGCTATTCTCAATTCATCGAAAA‑CAGC‑CACAAAAACCAGGGGAAtgtg > 1:1178085/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |