| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,532,555 | G→A | 9.7% | intergenic (‑116/‑263) | yhgE ← / → pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,532,555 | 0 | G | A | 9.7% | 353.7 / 5.3 | 140 | intergenic (‑116/‑263) | yhgE/pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/39); new base A (3/12); total (86/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AACAATCCAACTGTGATTTTTTCCGGAAAGCCAGGCGATCAGCAGGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCAT‑CCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATGTTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCA‑TCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTA‑CCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTC‑AGGAATGCGATTCCACTC‑AC‑AATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTAAATCTATGAGCCTTGTCGCGGTTAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGC > NC_000913/3532317‑3532790 | aaCAATCCAACTGTGATTTTTTCCGGAAAGCCAGGCGATCAGCAGGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCACTCAT‑CCCCCCGCGTGTTGCGGGTGCCCGTTCAACGTTCTCCATGTTGGTTATCCAGAATAAAAAGGTGGGTTAATTATCGAA‑TCCGGGCAGTAGCATTTTGATTTTTTCAGAAAATAATCACAAAAAGTTAGGGTGGGGAATGGAAACTTTA‑CCGGTTg > 2:1018386/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |