| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,462,859 | Δ1 bp | 5.1% | intergenic (‑199/+195) | nrdD ← / ← treC | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase/trehalose‑6‑P hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,462,859 | 0 | T | . | 5.1% | 274.5 / 6.5 | 78 | intergenic (‑199/+195) | nrdD/treC | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase/trehalose‑6‑P hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/28); new base . (2/2); total (48/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
CACTTTGCAGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGATCGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGGTTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAT‑ACAACATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGACAGCCTCAAAAGGCCGTAAATTCA > NC_000913/4462622‑4463097 | cACTTTGCCGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGATCGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCGCAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGGTTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGGTGGGAGCTGTAGTAGAAATTTTAGACTCTTAATCAAAACAT‑TGGGGTGGGGAGGCATTTTAAAGGTtata > 2:498694/1‑239 (MQ=255)cACTTTGCAGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGATCGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGGTTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAA‑AAAACAAATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCtatt > 1:120519/1‑238 (MQ=255) tttGCAGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGATCGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGG‑TTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAT‑ACAACATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCtatatata < 1:720387/239‑1 (MQ=255) tGCAGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGATCGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGGTTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAT‑ACAACATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAg > 1:850691/1‑239 (MQ=255) 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1:292904/200‑1 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACTCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGAc > 2:292904/1‑200 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTaa > 1:51936/1‑238 (MQ=255) atatTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTA‑ATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGAc > 1:67708/1‑198 (MQ=255) atatTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTA‑ATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGAGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGAc < 2:67708/198‑1 (MQ=255) 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tgggttgggACGCATTTTAAAGTCTA‑ATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGAtt > 1:223602/1‑221 (MQ=255) ttgggACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGAc < 1:588830/238‑1 (MQ=255) ttgggACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGAc < 1:911060/238‑1 (MQ=255) gggACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAaac > 2:732475/1‑158 (MQ=255) 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aTTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTGACCACCAGACAGCCTCaaac > 1:608337/1‑238 (MQ=255) ttttAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGACAGCCTCAAAAg > 1:744809/1‑239 (MQ=255) cTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACACCATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGACAGCCTCAAAAGGCCGGAAAt > 1:213224/1‑239 (MQ=255) 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tatataGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGACAGCCTCAAAAGGCCGTAAATTCa < 1:694596/239‑1 (MQ=255) | CACTTTGCAGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGATCGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGGTTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAT‑ACAACATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGACAGCCTCAAAAGGCCGTAAATTCA > NC_000913/4462622‑4463097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |