| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,852,876 | T→G | 13.2% | intergenic (‑92/+14) | ilvB ← / ← ivbL | acetolactate synthase 2 large subunit/ilvB operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,852,876 | 0 | T | G | 13.2% | 233.4 / 2.1 | 105 | intergenic (‑92/+14) | ilvB/ivbL | acetolactate synthase 2 large subunit/ilvB operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/58); new base G (18/2); total (45/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTTGGCTTAAGGCATCGTAAACAGGCAGGATAGAACCGCCCGGAATGCCTGTCACAATCTTAATGCCCTGCTGTTCCAGGAAATGAACGATAAATTCTGCGCCGGTAAAGCGCTT‑ACGCGTCGATGTTGTGCCCGAACTTGCCATGCTCCAGTCCTTTTCTTCTGGGCCGACTTTCCGGGAGGTGCTTAAACGAAAAACCCCGCCCGGTTTGCGCCGGCGGGGTTTTGGAATC‑GTGTGTTGTTCCAGTCCCTACGGCGCATTGCCGACGACCACCACCACAC‑GCACGACGACCACTGCGGCGGATGGCGCAGTTG‑GTAGTAGTTTTGCGTTGAGCATGGAAGTAGTCAT‑TGGGGACCTTGTTGGTTTTGTGTTTAACAATATTTATACAAGCACAGC‑TTTACAGGGGAGACAATGGAAAATTTTTCAGCAAGGGAAAATTGAGGGGTTGATCACGTTTTGTACTGAATTGCAGA > NC_000913/3852640‑3853113 | ttttgtttAAGGCACGGTAAATGGGAAGGGAGGAACCGCCCCGAATTGCTGTCACAATGTTAATGCCCGGCTGTTCCAGAAAATGAAAGATAAATTTCGCGCCGGTAAAGCGCTT‑ACGCTTGGATGTTGTGCCCGAACTTGCCATGCTCCAGTCCTTTTCTTCTGGGCCGACTTTCCGGGAGGTGCTTAAACGAAAAACCCCGCCCGGTTTGCGCCGGCGGGGTTTTGGAATC‑gtgtgt < 2:854829/233‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |