| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,434,509 | A→G | 17.6% | intergenic (+16/+113) | ytfH → / ← cpdB | DUF24 family HxlR‑type putative transcriptional regulator/2':3'‑cyclic‑nucleotide 2'‑phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,434,509 | 0 | A | G | 17.6% | 178.2 / 2.9 | 82 | intergenic (+16/+113) | ytfH/cpdB | DUF24 family HxlR‑type putative transcriptional regulator/2':3'‑cyclic‑nucleotide 2'‑phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/32); new base G (10/7); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGTGGGGTGAGTGAAAAGATGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTCTCTTTAATAAACGCTGCGGCTTTATCTGACGGAGAGGTTTCGAAACG > NC_000913/4434277‑4434747 | tggtggggtggGTGAAAAGTTTGTTGCCGAGTCTTTCACGGGGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCCGGGGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTAt < 2:300965/238‑1 (MQ=255)gtggggggTGATTGAAAAGTTGTTTGCGGAGTCGTTACGGGGGTTCGAACAGGGTGGTTTTCTTACCCGTATCGCGTTTCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATAGAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTAt < 2:843617/235‑1 (MQ=255)gggTGGGGTGAGGTAAAAGGTGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTAt < 1:902852/238‑1 (MQ=255)cGGTGGGGTGAGTGAAAAGATGCTTGCGCAGTCGTTTCAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGGGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGGGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTAt < 1:524934/239‑1 (MQ=255) 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gCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATAGGTCGCGACTTTATTCATCGGATAc > 1:320967/1‑238 (MQ=255) aGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGGTAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGGTTTATAGGCCGAAAAAGAAGGGTTTTACTTACTCAAATCCCCCTGCTAAATCCCAAACCCGAAATCATCGGTCCCGACTTTTTTTATCGGAAACACCCCt > 2:5249/1‑239 (MQ=255) aGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGGGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGAAAACCCGTTATACTCGGTCGCGCCTTTATTCATCGGAAACTACCCt > 2:126756/1‑239 (MQ=255) ttgtgggggt‑gg‑gg‑gTTGGACGGGCGGTAGAGCTGCGGGAGGCGGTGGGTTTATCGTGCCTACGGTGCGTGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGGGGCAGCTCCGTATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCttt < 2:490476/235‑1 (MQ=255) gggggT‑GC‑GG‑GATGAAGGGGCGGCAAACCGGCCGGACGCGGTGAGCTTATCTGGTCTAGGGTGCATGGCTTGTAGGTGGGATAAGAGGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTctct < 1:918553/235‑1 (MQ=255) gT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTAt > 1:581121/1‑46 (MQ=255) gT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTAt < 2:581121/46‑1 (MQ=255) gC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATa > 1:123940/1‑219 (MQ=255) 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cGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAACAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTCTCTTTAAAAAACCCTCCGGCTTTa > 2:137266/1‑239 (MQ=255) cGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTcg > 2:345332/1‑186 (MQ=255) cGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTcg < 1:345332/186‑1 (MQ=255) cGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTCTCTTTAATAAACGCTGCGGCTTTa > 1:305648/1‑239 (MQ=255) 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cTGAGCTTTTCTGGTATACGGTGCATGGTTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTCTCTTTAATAAACGCTGCGGCTTTATCTGACGGAGAGGTTTCGa < 1:688205/238‑1 (MQ=255) aGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCCAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTCTCTTTAATAAACCCTGCGGCTTTATTTTACGGAGAGGTTTGGaaagg > 2:585139/1‑237 (MQ=255) | CGGTGGGGTGAGTGAAAAGATGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCCGGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATTTGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGATGCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCATGGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTCTCTTTAATAAACGCTGCGGCTTTATCTGACGGAGAGGTTTCGAAACG > NC_000913/4434277‑4434747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |