Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,154,042 | T→G | 15.5% | S160R (AGT→AGG) | yghB → | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,154,042 | 0 | T | G | 15.5% | 147.0 / 4.0 | 74 | S160R (AGT→AGG) | yghB | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/30); new base G (10/2); total (42/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCTGGCTAAGTTATATTCAGGGGCGCTGGTTAGGGAATACCAAAAC‑GGTGAAAGGCTGGCTGG‑CACAGCTTCCT‑GCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTT‑T‑GACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTT‑CCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑TTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATG‑CCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGC‑TGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCAT > NC_000913/3153809‑3154276 | tgtgggttAATTTATATTCGGGGGGGTTGGTTAGGAAATACCAAAGC‑GGAGAAGGGCTGGCTGG‑CACAGTTTCCT‑GCTAAATATCACCAGCGCGCCCCCTGCATGTT‑T‑GCCGGCCCCGGTCTGCTGGGGTGGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCTTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTT‑CCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑t < 1:867200/231‑1 (MQ=255) tggtgGCTAATTTATATTCAGGGGGCGTGGTTAGGGAATCCAAAAAC‑GGTGAAAGGCTGGCGGG‑CACGGTTTCCT‑GCAAAATATCACCAGCGCGCCTCCTGCATGTT‑T‑GACCGCCACGGTCTGGTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTT‑CCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑t < 1:129347/235‑1 (MQ=255) ctgGCTAAGTTATATTCAGGGGCGCTGGTTAGGGAATACCAAAAC‑GGTGAAAGGCTGGCTGG‑CACAGCTTCCT‑GCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTT‑T‑GACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTT‑CCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCCGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑tt > 1:855095/1‑237 (MQ=255) tttttttgggggggCGCT‑GTTGGGGAAAACCCAACC‑GGGGAAAGGGTGGGTGGTCACGGCTCCGT‑TCTAATTCCTCCCGGCGCGCCCCGTG‑TTGTTGT‑GCCCCCCGCGGTCTGCGGGCGCTGCTGGCGGGCCGTTTTCTGGACTTGGCCCGTACGCTGCTGCCACCCATGGCGGGAATTT‑CCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑TTGCTGTGGGTc < 2:748314/229‑1 (MQ=255) atTCAGGGGCGCTGGTTAGGGAATACCAAAAC‑GGTGAAAGGCTGGCTGG‑CACAGCTTCCT‑GCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTT‑T‑GACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTT‑CCGGCCTGCCAAACCGCCGCTTCCCGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGGGGA‑TTGCTGTGGGGCAGCGt > 1:386451/1‑239 (MQ=255) gggCGCTTGGTTGGGAATTCCCAAACGGGGGAAGGGCTGGGGGG‑CCCGGCTTCCG‑GCAAAATCCCCCAGGCGCGCCCCCTGCATGTT‑T‑ACCCGCCACGGTCTGCGGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTT‑CCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑TTGCTGTGGGTCAGCGTGGTaa < 2:931915/239‑1 (MQ=255) gggCGCTGGTTAGGGAATACCAAAAC‑GGTGAAAGGCTGGCTGG‑CACAGCTTCCT‑GCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTT‑T‑GACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGGATTT‑CCGGTCTGCCCAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGATAAGTGGA‑TTGCTGTGGGTCAGCGGGGGaa > 1:1030129/1‑238 (MQ=255) 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aaacccgccgCTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑TTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATG‑CCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGC‑TGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCt < 1:845742/235‑1 (MQ=255) ccgcTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑TTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATG‑CCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTGCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGC‑TGGTTGTGGGGATTAAAAAAAAATACCGTAACGCTTGACGATTTTCCCCGGTCCCGGGGGCTGGACggg > 2:816885/1‑239 (MQ=255) ccgcTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGAGGA‑TTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATG‑CCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGC‑TGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGTTTTTCCCCGTTCCCGTTTTGTGTACCgg > 1:819662/1‑239 (MQ=255) 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TGCTGGCTAAGTTATATTCAGGGGCGCTGGTTAGGGAATACCAAAAC‑GGTGAAAGGCTGGCTGG‑CACAGCTTCCT‑GCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTT‑T‑GACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTT‑CCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAC‑TGGTTAAGTGGA‑TTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATG‑CCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGC‑TGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCAT > NC_000913/3153809‑3154276 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |