| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,153,595 | A→C | 7.7% | intergenic (‑497/+101) | ppc ← / ← argE | phosphoenolpyruvate carboxylase/acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,153,595 | 0 | A | C | 7.7% | 189.6 / 9.5 | 65 | intergenic (‑497/+101) | ppc/argE | phosphoenolpyruvate carboxylase/acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/29); new base C (3/2); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
AAATGTTAAAAAATCGCCCCAAGTAACACCAAAGGTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAGTTGGGCATCGTTTGAGTCACT‑GTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTT > NC_000913/4153311‑4153879 | aaaTGTTAAAAAATCGCCCCAAGGAACACAAAAGGTGTGGGTCGGATAAGATGCGAAAGTAGCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAGGTGGGCATCGTTTGAGACACT‑GTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGt < 2:400254/288‑1 (MQ=255) 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cGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGATGCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGAAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCtt < 1:414359/289‑1 (MQ=255) gCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGAATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCg > 1:16851/1‑289 (MQ=255) gggCATCGTTTGAGTCACTGTACGACGGATAATATGCGCAAGCATCGCATCCGACATCATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGACTTATCCGGCCTACGCTTTAATTTCCGCTCAACTGGCGAATTATCTGGGCTATCAGTTCG‑CGGTTGGTCTTGATAAACCGTGTTTTCAGATATTCATCACGTTGATTAGGCTGATTATTTGAGACAGGCCCCAACACCATCGACGCACATAACCTTTGAATATCAGGCGCTTCAGTACagtcgt > 2:74026/1‑289 (MQ=255) ggCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCCCTTCGGTACagtagt > 2:237510/1‑288 (MQ=255) tCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTcacc > 1:288983/1‑289 (MQ=255) cGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTcacc > 2:468938/1‑288 (MQ=255) gAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGt > 2:355032/1‑237 (MQ=255) gAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGt < 1:355032/237‑1 (MQ=255) tGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGttttt > 1:465890/1‑288 (MQ=255) | AAATGTTAAAAAATCGCCCCAAGTAACACCAAAGGTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAGTTGGGCATCGTTTGAGTCACT‑GTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCG‑CGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTT > NC_000913/4153311‑4153879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |