| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 540,558 | T→G | 29.7% | intergenic (+50/‑7) | allB → / → ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 540,558 | 0 | T | G | 29.7% | 128.0 / 16.9 | 70 | intergenic (+50/‑7) | allB/ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/35); new base G (20/2); total (33/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCT > NC_000913/540333‑540794 | gcTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGGGTGTTTTTGTTCa > 1:407094/1‑239 (MQ=255)gcTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCAAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTTAGGTGTGTTTATGTTCa > 1:416152/1‑239 (MQ=255) aTGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCCTTCTCCGGTTTAGGGGTGTTTTTGtttcatt > 2:75333/1‑234 (MQ=255) aTGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAAtt < 1:289146/239‑1 (MQ=255) 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aCCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAAAAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGAAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGAGGGAATTTCCCGAGTACTGTGGGTATTTTTTCAAttttttcggg > 2:46527/1‑233 (MQ=255) tGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATCGGCGCGCGAATCACGAAAACCATCTTACGTGGCGATGTGATTTACGACATTGAACAGTGATTCCCTGTTGCGCCGAACGGTCAATTTATCCTTAAAAATCAGCAGTACTCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCTGCGGGCATTATCCCGGTTAGGGGTGCTTTCTTTCCATTTTG‑CAGttgacc > 2:682860/1‑233 (MQ=255) cGATCTGGAATATCGCCGCAAAGGCAACCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCTTATCACGAAAACCATCTTACGTCGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCTTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAATCAGCcgcg < 2:1124856/238‑1 (MQ=255) cTGTAATATCGCCACAAAGTCAGCCCTTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGc < 2:645385/239‑1 (MQ=255) ccACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGCCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTCCAATGCCCGTCCTTGCTGCGGGCATTCTTCGGGTAGGGTGGGTTTATGTTCAATTTTT‑CCGTCAGGAGCGCACGCCC‑GTGATCAgg > 2:548019/1‑239 (MQ=255) cacaGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATACCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCTGGTTTAGGTGTGTTTTTGTTCACTTTTT‑CAGTTCGACGCGGAAGACT‑GTTTTTCGGAtt > 2:342427/4‑239 (MQ=255) 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cATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGTGGATGTGATTGACGACAATTAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCaa < 2:48268/239‑1 (MQ=255) cATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCaa < 1:891536/239‑1 (MQ=255) ttGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAaca < 2:791298/239‑1 (MQ=255) 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cGGTTAGTGGGTGTTTATGTTGAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTTGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACCCGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCAGCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAg < 2:193984/239‑1 (MQ=255) cGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAg < 1:38303/239‑1 (MQ=255) aGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGc < 1:229574/136‑1 (MQ=255) aGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGc > 2:229574/1‑136 (MQ=255) gtgtgtTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTgg > 2:170656/1‑235 (MQ=255) gtgtgtTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTCCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTgg > 1:31735/1‑235 (MQ=255) tgtgtTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCt < 1:170656/237‑1 (MQ=255) | GCTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTG‑CAGTCAGCCGCGAAAGCCT‑GTTATCAGGATTTC‑AGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCT‑ACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACG‑CTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCT‑GCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCT > NC_000913/540333‑540794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |