| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2643100 | 128 (1.000) | 5 (0.040) | 5/400 | NT | 3.8% | intergenic (‑256/+29) | rodZ/rlmN | MreB assembly cytoskeletal protein/dual specificity 23S rRNA m(2)A2503, tRNA m(2)A37 methyltransferase, SAM‑dependent |
| ? | NC_000913 | = 2643110 | 136 (1.130) | intergenic (‑266/+19) | rodZ/rlmN | MreB assembly cytoskeletal protein/dual specificity 23S rRNA m(2)A2503, tRNA m(2)A37 methyltransferase, SAM‑dependent | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
AATGAGAATTGAGATGCCGGTGAACCATCATGCTCACCCACACCGCGAAACATCCGTTAAGTTAACCGTTATCATACAGTATAAGACCGTCTGTGTGCTCGTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGGT‑ACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCGATGGCTTCACCCTGCATCCGTTTACGCAGGGTACGTTTCGTACGGTCGATAACATCGCCCGCCAACTGACCACAGGCAGCATCGATATCATCACCACGAGTTTTACGCACAATAGTGGTGAAACCGTAGCTCATCAGCACTTTTGAGAAACGGTCGATACGGCTGTTCGAGCTGCGTCCATACGGCGCAC > NC_000913/2642863‑2643337 | ccGGTGAACCATCATGCTCACCCACACCGCGAAACATCCGTTAAGTTAACCGTTATCATACAGTATAAGACCGTCTGTGTGCTCGTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGGT‑ACATAAAGTAaccgtg < 2:102483‑M2/238‑7 (MQ=255) gAACCATCATGCTCACCCACACCGCGAAACATCCGTTAAGTTAACCGTTATCATACAGTATAAGACCGTCTGTGTGCTCGTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGGT‑ACATAAAGTAaccgtggcgta > 2:592546‑M2/1‑227 (MQ=255) gAACCATCATGCTCACCCACACCGCGAAACATCCGTTAAGTTAACCGTTATCATACAGTATAAGACCGTCTGTGTGCTCGTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGGT‑ACATAAAGTAaccgtggcgta > 2:576587‑M2/1‑227 (MQ=255) tCACCCACACCGCGAAACATCCGTTAAGTTAACCGTTATCATACAGTATAAGACCGTCTGTGTGCTCGTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGGT‑ACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGa < 1:489541/238‑1 (MQ=255) 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1:927577/1‑239 (MQ=255) cattcatAAAACATTACGCCACGGT‑ACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCGATGGCTTCACCCTGCATCCGTTTACGCAGGGTACGTTTCGTACGGTCGATAACATCGCCCGCCAACTGACCACAGGCAGCATCGATATCATCACCACGAGTTTTACGCACAATAGTGGTGa > 2:258812/1‑193 (MQ=255) cattcatAAAACATTACGCCACGGT‑ACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCGATGGCTTCACCCTGCATCCGTTTACGCAGGGTACGTTTCGTACGGTCGATAACATCGCCCGCCAACTGACCACAGGCAGCATCGATATCATCACCACGAGTTTTACGCACAATAGTGGTGAAACCGTAGCTCATCAGCACTTTTGAGAAACGGTCGCTACGGCTGt > 1:1389023/1‑238 (MQ=255) cattcatAAAACATTACGCCACGGT‑ACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCGATGGCTTCACCCTGCATCCGTTTACGCAGGGTACGTTTCGTACGGTCGATAACATCGCCCGCCAACTGACCACAGGCAGCATCGATATCATCACCACGAGTTTTACGCACAATAGTGGTGAAACCGTAGCTCATCAGCACTTTTGAGAAACGGTCGATACGGCTGt > 2:382647/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |