| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2443834 | NA (NA) | 5 (0.090) | 5/282 | 7.7 | NA | noncoding (46/80 nt) | REP171 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP171 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 2443869 | NA (NA) | intergenic (+99/+22) | mnmC/yfcL | fused 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine‑forming enzyme methyltransferase and FAD‑dependent demodification enzyme/uncharacterized protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
AGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACC > NC_000913/2443693‑2443974 | aggaCGCGGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAg < 2:936124/140‑1 (MQ=255) cGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCt < 1:728658/143‑1 (MQ=255) gcgTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGAc < 1:551987/143‑1 (MQ=255) gTTAAACCCGCATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGAcgc < 2:622651/143‑1 (MQ=255) tAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGa < 1:596251/143‑1 (MQ=255) aaaCCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTCAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATAGGGCTGACGGGTGGCGTGTAGGCCTGATAAGACGCGAt > 1:184857/1‑143 (MQ=255) aaCCCGAATCGGTGATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATa < 2:611875/143‑1 (MQ=255) aCCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAGTGGTTGGAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGGAATCTGGTCTCGGAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCCTAGGTGTGGCGTGTAGGCCTGATAGGACGCGGTaa > 1:204300/1‑143 (MQ=37) ccGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGc > 1:914631/1‑143 (MQ=255) ccGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATACGACGCGATAAGc > 1:486385/1‑143 (MQ=255) gactCGGGTACGGGTGCGGAAGTTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGt < 2:648154/140‑1 (MQ=255) aTCGGTTAGGGGGGCGGAAATTGTGGAAGGGTAAAGCGGGTAAGGAGGGGTAATCTGCGCTCGCAGTGTTTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCg < 1:229015/143‑1 (MQ=255) tCGGTTGTGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTACAGCGGCTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGc < 2:544644/143‑1 (MQ=255) gcGGTGATGGGGGCCGAAATGGTTGAAGGGTAAAGCGGTCAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGc < 2:300342/142‑1 (MQ=39) cGGTTATGGGTGCGGAAAGTGTTGAAGGGTAGAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCa < 2:915342/143‑1 (MQ=255) ggTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCAt > 1:889531/1‑143 (MQ=255) gTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGGCGCATc > 1:243237/1‑143 (MQ=255) gggTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCa < 2:670865/143‑1 (MQ=255) tGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCAtgc > 2:282258/1‑143 (MQ=255) tGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGAGCAGCGTCGGCTCAGTGAtgc > 1:399667/1‑143 (MQ=38) cGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTCGGACCGATTGGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCAtgcgg > 1:686935/1‑141 (MQ=39) ggAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCAtgctgc < 1:955031/143‑1 (MQ=255) actgttgAAGCGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCa < 1:29255/141‑1 (MQ=255) tgttgAAGGGGAAGGCGGTGAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGa < 2:330826/143‑1 (MQ=255) gttgAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGGACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGAc > 2:589114/1‑143 (MQ=255) tggacgggTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGAcg < 2:943301/138‑1 (MQ=255) gAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCCGAcgcc > 1:101539/1‑143 (MQ=255) aGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGAcgccgc < 1:667185/143‑1 (MQ=255) aGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTAc < 1:724086/143‑1 (MQ=255) aGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGCGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGCCGCCGCAACTTAc > 2:334243/1‑143 (MQ=255) cGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTActg < 1:510427/143‑1 (MQ=255) gaaGGCGGGTGAGTCTGTCCTCGCGGCGTTTGCCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCGGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCtgt < 2:98938/142‑1 (MQ=37) tCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGGCGCGATAGGCGTCGCATCAGGAATAAATCGTTAGCCTCTGCAACTTACTGCTGTGACGCCGGCTGaa > 1:421458/1‑143 (MQ=25) tGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCACCTTACTGCTGTAACGCctgctgcacc > 2:460705/1‑139 (MQ=255) tGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGCCGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCCGCGCCGCCCGCAGCAAc > 2:543411/1‑143 (MQ=38) gCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAAcc > 1:350588/1‑142 (MQ=255) ctgtctgaGTGTTGGGGGGATGGGGGGTGGACGCCTTATCCGACAAGGTTAAAACGTGGAGGGTTGACAACACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCGGCTCCAGCCGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAg < 2:448846/136‑1 (MQ=255) ctctCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATACGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAg < 2:640878/143‑1 (MQ=255) tctcGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGCAACggg > 2:585521/1‑143 (MQ=255) tctcGCAGTGTTTGCCGGACGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAgg < 2:488784/143‑1 (MQ=255) gCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTCATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATACGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGtttt < 1:273346/143‑1 (MQ=255) aGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTcc < 2:680481/143‑1 (MQ=255) aGTGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTGATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGGAGCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTcc < 2:417359/143‑1 (MQ=255) tgtGCCTGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGGGCGGTGTAGGCCTGATCAGACGAGATAAGAATGACAACAGGCATGCTGTTCCAGTCGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCcaca < 2:884930/141‑1 (MQ=255) ttGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACat > 1:676033/1‑143 (MQ=255) ggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCAGCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGGGCCGCCTGCTGAAACAGGTATGCCCACATATCGGTCACCa > 2:743389/1‑143 (MQ=39) ggaccGCCTTATCCGCCCTACGTGTGACGTGTAGGCATGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCCGACGCCGCAACTTACTACTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAgcgc < 1:525661/139‑1 (MQ=39) cTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGCCGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCa > 1:736808/1‑143 (MQ=255) ttATCCGACCTTCGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCTCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCAc < 2:626515/143‑1 (MQ=255) ttATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTACAGATGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCAc > 1:378961/1‑143 (MQ=255) tATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCAcg < 1:946309/143‑1 (MQ=255) cGACCTATGTGTTACGTGTAGTCCTGATAAGACGCGATACGTGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACACCTGCTGAAACAGGTTTTCCAACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCACgcggc < 2:180435/143‑1 (MQ=255) cGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGTTTTTAGGCCTGCTGTAACAGGTTTTACCACGTATCGGTCCCCCGCCCCTGGTCAcggcgc > 2:249806/1‑139 (MQ=37) cGACCTACGGGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCACgcggc < 2:704259/143‑1 (MQ=255) gACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCACgcggcg > 1:540235/1‑143 (MQ=255) tgggACGTGTACGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCGTCAGGCATGCTGCGCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCACGCGGCGACAATTCa < 2:610298/140‑1 (MQ=255) gtcaCGTGTAGGCCTGCTAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCACGCGGCGACAATTCAc < 1:725402/140‑1 (MQ=255) tgACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCAGCAGCGCCAGGTCACGCGGAGACAATTCAcc > 1:105179/1‑143 (MQ=255) tgACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATAGCGGTCACCAGCGCCTGGTCACGCGGCGACAATTCAcc < 1:695990/143‑1 (MQ=255) gtgtAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGGGACGCCGGCTGAAACAGGTTTTCCCACAAACGGGACACCAGCGCCTGGTCACGCGGCGAGAATTGACCAGCa > 1:200426/1‑143 (MQ=38) gtAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCCCCAGCGCCTGGTCACGCGGCCACCATTCACCCGCAcc > 1:979586/1‑143 (MQ=255) | AGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACGTGTGACGTGTAGGCCTGATAAGACGCGATAAGCGTCGCATCAGGCATGCTGCTCCAGACGCCGCAACTTACTGCTGTGACGCCTGCTGAAACAGGTTTTCCCACATATCGGTCACCAGCGCCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACC > NC_000913/2443693‑2443974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |