| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,488,188 | A→G | 13.0% | M291V (ATG→GTG) | lptG → | lipopolysaccharide export ABC permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,488,188 | 0 | A | G | 13.0% | 265.5 / 6.7 | 101 | M291V (ATG→GTG) | lptG | lipopolysaccharide export ABC permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/58); new base G (12/2); total (41/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGATGGCGCTGTCGTTCATCTTTGGCCCACTGCGTAGCGTACCGATGGGCGTGCGTGTGGTCACCGGTATCAGTTTCGG‑TTTTGTCTTCTACGTACTGGACCAGATCTTCGGCCCGCTGAC‑GTTGGTTTATGGCATCCCGCCGATCATCGGCGCACTGTTGCCAAGCGCCAG‑CTTCTTCTTAATCAGCCTGTGGCTGTTAATGAGAAAATCGTAACCGAATGAACGAATAAAGG > NC_000913/4487950‑4488419 | atctgatctgACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCTGa < 2:841594/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |