| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 360,362 | T→G | 15.3% | V124G (GTG→GGG) | cynX → | putative cyanate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 360,362 | 0 | T | G | 15.3% | 266.9 / 3.7 | 109 | V124G (GTG→GGG) | cynX | putative cyanate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/60); new base G (17/3); total (46/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GGTTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAG‑CGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGTGGGCGCT‑GCCTGCCGTTGTTGCGCTCTTTGCC‑TGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCT > NC_000913/360126‑360593 | ggtTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGa < 1:256749/239‑1 (MQ=255)ggtTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGa < 1:186617/239‑1 (MQ=255)ggtTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGa < 1:1497386/239‑1 (MQ=255) aTGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCt < 1:910643/239‑1 (MQ=255) 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gAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATa < 1:437747/237‑1 (MQ=255) gAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATa < 1:311449/237‑1 (MQ=255) gAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATa < 1:1307648/237‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |