| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,478,418 | G→T | 11.2% | A65S (GCG→TCG) | ynbB → | putative CDP‑diglyceride synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,478,418 | 0 | G | T | 11.2% | 296.0 / 5.0 | 91 | A65S (GCG→TCG) | ynbB | putative CDP‑diglyceride synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/55); new base T (9/2); total (34/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCCGCGTTGGTTATATTGGGGTATTCCTCTTAACTATTTGCTTATCGGTTTTAATTGCTTTGAGCTGTTTCTGTTATTTATACCTTTGGCTGGGTTTCTGATATTAGCCACCGGGCAAGTTTTAGTGGGTGACCCCTCTGGTTTTCTGCATACCGTGAGCGCCATTTTTTGGGG > NC_000913/1478194‑1478647 | cGGAGTGTGCTTCTTATGAGCTCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGtttt < 1:1054135/239‑1 (MQ=255) tgCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTTATGGGGGG‑GAAAAGGGGG‑GGGGGTATAATACGTATTTGTATCTGGTGGGGGATCGTGCTTTGTTTTTTTTTTGTTATTTTAGGTGCACGCTGGGTGACGTTTACGCTTTTTTTGTTGTTTAGGTTTCT‑gtcgt > 2:202443/1‑235 (MQ=255) tgCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCAt < 1:1210420/239‑1 (MQ=255) tgCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑GTACCGGGGC‑GGAAAAGGGGGGAGGGTACATTACGTATTCGTTACTGGTGGGGCGTCGTCATTTGTTTTTTATTGGTGTTTTTAGGTGCATCCTGGCTTAGGCTATGGTTTTTTGCGCTGGTAACttttttcgtct > 2:995483/1‑232 (MQ=255) tcttcttATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCAt < 2:1099413/237‑1 (MQ=255) gCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCAt < 1:109902/238‑1 (MQ=255) ttctgATGAGCGCTGAAAGAGAAATCTGGAAAAATCTCTGGCATCACTTTTCGCGTTGTTAAGTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCGATGGCGG‑TAACCGGAGA‑GAAAAGGGGGGAAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGGCATTTGTTTTTCAATGGTGAATTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTATTTGCGCTGATAAGTTTGCT‑GGCATTgt < 2:328174/239‑2 (MQ=255) tcttATGATCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACCCTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGa < 2:417609/238‑1 (MQ=255) ttATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGG‑GAAAAGGGGGGGAGGTTACATTTCGTATTCGTACCTAGTGGGGGATCGGCATTTGTTTTTTTTTTGTGATTTTATGTCCACGGTGGCTGGCGCTTAGGTTTTTTTTGCTTGTATGTTTTTT‑TGCATTGAAAg > 2:38646/1‑239 (MQ=255) tATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑GTACTGGGGAGGAAAAGGGGGGGGGGGTTCATTTATTGTT‑GTATCTTGTTGGGCAACGGCTTTTGTTTTTTTATGGGGTTTTTCGGACCCCGCTGGGTGGCGGTTTCGGTTTTTTTGCTGATGTGGTTTTT‑TGCATTGtaaaa > 2:573757/1‑237 (MQ=255) gAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAata < 1:346535/239‑1 (MQ=255) cgcTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTAACGGGGA‑GAAAAGGGGGGGGGGGTTAATTATGTATTCGGTACTGGGGGGGGCTCGTCATTTGTTTTTTAATTGGTATTTTTGGTGCCCGCTGGGCGATGTTGAGGTTTTTTTTGCGTGTAAGTTTTTT‑GGCATTGTAAAGATAttt > 2:731212/1‑238 (MQ=255) gcTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTGTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTg < 1:409793/238‑1 (MQ=255) aaTATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCTATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGt < 1:26064/234‑1 (MQ=255) 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tctGGCAACACGTCTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGGTGATAAACCGTTTTCTGGTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGAGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTCTTAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCcgc < 2:484365/239‑1 (MQ=255) ctGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACTTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCcgcg < 1:661123/239‑1 (MQ=255) ctGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCcgcg < 1:301005/239‑1 (MQ=255) ctGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCcgcg < 2:752229/239‑1 (MQ=255) ctGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCcgcg < 1:387149/239‑1 (MQ=255) ctGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCcgcg < 1:1083403/239‑1 (MQ=255) 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tgttAATTTTAGCAACGGTTATAAACCGGTTTTTTCTATGGGTG‑TTACCGGACA‑GACACGGGGGTGTGGTTAGCTTAGTTATTCCTTCCTTGTGGGTCTTGGTCGTTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTAGCGTTTTTTTCGCTGATAATTTTTCT‑GGCATTGAAATAATATTGTACTCTTATATCTGTACATTTTCCGCTTTGGTTATATTGGGGTAtt < 2:25546/239‑1 (MQ=255) tgttAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCCGCGTTGGTTATATTGGGGTAtt < 1:373739/239‑1 (MQ=255) ttttAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGTTGAGGTTTCATTACGTATTCGTACCTGGTGTGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCCGCGTTGGTTATATTGGGGTATTCCTCtt < 1:779193/239‑1 (MQ=255) 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CGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGG‑TTACCGGAGA‑GAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCT‑GGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCCGCGTTGGTTATATTGGGGTATTCCTCTTAACTATTTGCTTATCGGTTTTAATTGCTTTGAGCTGTTTCTGTTATTTATACCTTTGGCTGGGTTTCTGATATTAGCCACCGGGCAAGTTTTAGTGGGTGACCCCTCTGGTTTTCTGCATACCGTGAGCGCCATTTTTTGGGG > NC_000913/1478194‑1478647 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |