Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,088,438 | A→G | 9.7% | V473A (GTC→GCC) | frvR ← | putative frv operon regulator; contains a PTS EIIA domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,088,438 | 0 | A | G | 9.7% | 364.6 / 2.4 | 128 | V473A (GTC→GCC) | frvR | putative frv operon regulator; contains a PTS EIIA domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/83); new base G (13/2); total (43/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
AATATTTTTAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTGTTGTGCGACTAA‑TTGCGCACAAATTTGCCGGGTAATA‑TGTTGCCAGCTTTCACCGCGTACATTCGAATAATGAAAAC‑TTCCGGGGGCAGAGAAAAAACGCTCCGGCTGTTGGCGAATAAATGCCGTCGCCAGAAAATGTTTTATTTGTTCGATACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACG > NC_000913/4088204‑4088672 | aaTATTTTTAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTGTTGTGCGACTaa < 1:148253/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |