Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,196,305 | C→T | 93.9% | R395C (CGT→TGT) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 93.9% | 585.7 / 19.5 | 180 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/6); new base T (81/86); total (86/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.35e-01 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTTTATTATTGCTGGCGGACGCTCGTTAATATTTA > NC_000913/1196023‑1196589 | tATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatg > 1:1424892/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |