| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3382372 | 108 (1.020) | 4 (0.040) | 4/424 | NT | 3.6% | coding (173/1068 nt) | degS | serine endoprotease, periplasmic |
| ? | NC_000913 | 3382376 = | 107 (1.030) | coding (177/1068 nt) | degS | serine endoprotease, periplasmic | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
ACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATATCATCACCAATAAACACGTCATCAACGACGCCGATCAGATCATCGTCGCCTTACAGGATGGACGTGTATTTGAAGCATTGCTGGTGGGATCTGACTCTCTAACCGATCTGGCGGTACTTAAAATTAATGCCACTGGCG > NC_000913/3382135‑3382608 | aCGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑gg‑tg > 1:347943/1‑239 (MQ=255) gtgATTTCCGGTTAACTCGGTGTATGCGGCTGCTGTTCCCTTTGTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACTTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCGGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTCCCGATGAGACGCCTGTCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑AG‑TGGTTa < 2:1034946/239‑1 (MQ=255) gtgATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTa < 2:599553/239‑1 (MQ=255) gtgATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTGCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGTTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGttg < 2:154680/239‑2 (MQ=255) ccGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCAGCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTa < 2:1042666/239‑1 (MQ=255) gaccccGTGGTATGCTGCATCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGGGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACGCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAAcc < 2:244466/234‑1 (MQ=255) agacgaggTAGGCTGTTGCCGTTCACTTTGTTAATGACGCATCCAGCACGGTTGTGAAGCTCTTACGATCCGGTGCGATAGGATTAATTGGCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCAGCGCAGCCCTAACCCGCTCTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGt < 2:1167653/233‑1 (MQ=255) gTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGtt > 1:256241/1‑239 (MQ=255) cGTTCCCTTTTTTAATGACTCCTCCATCGTGTTTGTGAAGCTCTTACGGTCCGTTGCGATTGGAGTAATTGTCGGGGCTAATCGTCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTGACCCGCTTTCCACTCCGCAGTTTGACAGTACCGAGGAAACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GA‑CGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAActct < 2:64597/238‑1 (MQ=255) cccTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTcaca > 1:1188378/1‑238 (MQ=255) cccTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACaa < 2:443586/239‑1 (MQ=255) cTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAAcc < 2:239294/239‑1 (MQ=255) ttttAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCa > 2:1014956/1‑237 (MQ=255) 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> 2:102491/1‑239 (MQ=255) gAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGgtg < 1:1014956/239‑1 (MQ=255) aGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGgtgt < 1:975354/238‑1 (MQ=255) aCGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAAAGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCCCACCCTGGGATCCGGGGTAATCATgt > 1:842757/1‑238 (MQ=255) 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cGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATATCATCACCAATAAACACGTCATCAACGACGCCGATCAGATCATCGTCGCCTTACAGGATGGACGTGTATTTGAAGCATTGCTGGTGGGATCTGa < 2:635829/238‑1 (MQ=255) cGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATATCATCACCAATAAACACGTCATCAACGACGCCGATCAGATCATCGTCGCCTTACAGGATGGACGTGTATTTGAAGCATTGCTGGTGGGATCTGa < 1:1081883/238‑1 (MQ=255) gCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGC‑GG‑TGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATATCATCACCAATAAACACGTCATCAACGACGCCGATCAGATCATCGTCGCCTTACAGGATGGACGTGTATTTGAAGCATTGCTGGTGGGATCt < 2:1061391/235‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |