| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,219,539 | C→T | 8.0% | A315V (GCG→GTG) | aceK → | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,219,539 | 0 | C | T | 8.0% | 300.8 / 14.5 | 99 | A315V (GCG→GTG) | aceK | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/40); new base T (4/4); total (55/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTGATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGG‑‑GTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAA‑‑AGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCT > NC_000913/4219302‑4219776 | ttGATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAgcg < 1:797905/239‑1 (MQ=255) 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cctgACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTc > 1:712755/1‑239 (MQ=255) gacCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGTGCCGGGTATTCGTGGAATgg < 1:224172/239‑1 (MQ=255) acCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGTTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATgg < 2:128324/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |