Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 433,649 | T→G | 29.3% | G65G (GGT→GGG) | ribD → | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 433,649 | 0 | T | G | 29.3% | 108.8 / 21.4 | 94 | G65G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/43); new base G (23/6); total (45/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.71e-01 |
AAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCG > NC_000913/433414‑433882 | aaGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGGCTGAGCCATGCAGGAGGAGTATTGCAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGACATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAC‑CCACATGCCAAAGTACAC‑CCGTTGCTTATGGCGGGTA‑AAAAAGCCAAAGGTGCg < 2:916438/239‑1 (MQ=255) agagTTTGGCAAAGAGATCCGGCGCCGGTGGCACTAAGCCGTTCGTGCGGATTA‑TCCATGGGGGCGGGCGCTAAAGCGGGCGCAACGAGGACTTTTTCCCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGGGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTGCCACCATC‑GTGCGGTTGAC‑CCACATGCCGAAGTCCAC‑GGGTTGCGTATGGGGGGTA‑AAAAAGCCAAAGTTGCGa < 2:525392/239‑1 (MQ=255) aGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGCACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAAATGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑ACACATGCCGCAGTACAC‑GCGTTGCGTAGTGCGGGGG‑GAAAAGACCAAGgcgcc > 2:698098/1‑237 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGGG‑GAAAAGCCAAAGGGGCGACCg > 2:140139/1‑238 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAAGCCAAAGGGGCGAcag > 1:1100729/1‑236 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGGGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGGG‑GCAAAGCCAAAGGGGCGAACg > 1:275783/1‑238 (MQ=255) ttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCCAAAGGTGCGACCGcc < 1:726749/239‑1 (MQ=255) aaGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGGCGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTAAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGt < 1:140190/238‑1 (MQ=255) agagACCGCCCGCCTGGGGGACTAACCCGTGCAGGACGATTATTACAT‑GGCGCGGGCGATAAAGCTGGCGAAACGAGGCCGTTTTACCACGCCTCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTca < 2:16415/239‑1 (MQ=255) ccgcgcgCCTGGAGGACTAAGCCGTGAAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGCCGTTTTACCACGCATCCCACCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTAAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCAATTGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTc < 1:133746/238‑1 (MQ=255) 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cTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGGGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAAGACAAAGGTGCCACCGCCTATTTCACACTCGGACCCCGTAGCcat > 1:508837/1‑238 (MQ=255) aaGCCGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCCAAAAGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCcatcat > 1:128839/1‑239 (MQ=255) cGTGCAGGACGAGTATTACAT‑GGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGCGCGTCATTGTCAAAGATG‑GCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAAC‑GTGCGGGTGAA‑CCACATGCCGAAGTACAC‑GCGTTGCGTATGGCGGGGG‑GAAAAACCCAAGGGGCGACCGCCCACGTTCCACCCGAACCCGGTCGCCATCATgggc > 2:908493/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |