| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,546,717 | Δ1 bp | 6.2% | coding (453/882 nt) | yddG ← | aromatic amino acid exporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,546,717 | 0 | A | . | 6.2% | 236.1 / 6.7 | 65 | coding (453/882 nt) | yddG | aromatic amino acid exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/26); new base . (2/2); total (37/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
AATGGTGACATTGCCATGCAATATACCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAATCAACCAGTTGGTTTTCTGACCATTAAACAGAATGGCAAAGAGAATTGTCAGGCTGGGCCACAGATAGTTCACCATACCCACTTCAATCGCCTGATGATGGGTCGCCGCATACCCTAAGGAAAGCGCCAGACAGATTTCATAGCTGACGAATAACAGACTCCCGGCGAGTAAATAGCCTTTCGGGATTTG > NC_000913/1546438‑1546995 | aaTGGTGACATTGCCATGCAATATACCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATtgatg > 2:70018/1‑289 (MQ=255)aaTGGTGACATTGCCATGCAATATACCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATtgatg > 1:57623/1‑289 (MQ=255) tGACATTGCCATGCAATATACCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGAttt < 1:513014/288‑1 (MQ=255) tGACATTGCCATGCAATATACCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGAttt < 1:547355/288‑1 (MQ=255) catgggcATGAAACATACCGACCATCCATGCAGCATAAGCAAAACCTAAAGTAAAAGCCGCAGAGATGAATTTAATCAGGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAAGCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTtcat < 2:655693/282‑1 (MQ=255) cAATATACCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTaa < 2:72475/288‑1 (MQ=255) tataCCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCa < 1:448067/289‑1 (MQ=255) taCCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGAT‑TTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTg > 1:122630/1‑289 (MQ=255) taCCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGAT‑TTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTg > 1:618024/1‑289 (MQ=255) aCATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCa > 2:71011/1‑288 (MQ=255) 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ttCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCg > 1:117145/1‑288 (MQ=255) cATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTa < 1:633334/289‑1 (MQ=255) tCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCcg > 1:307683/1‑289 (MQ=255) tAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCcgacg < 1:70018/289‑1 (MQ=255) cGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGAT‑TTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCtaataat < 2:618024/288‑1 (MQ=255) cGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGAT‑TTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCtaataat < 2:122630/288‑1 (MQ=255) cAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCtaataataa > 1:438063/1‑289 (MQ=255) cAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATACGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCTACGAGGGCtaataataa > 1:368552/1‑289 (MQ=255) tAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAAt < 1:71011/289‑1 (MQ=255) 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aCCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAATCAACCAGTTGGTTTTCTGACCATTAAACAGAATGGCAAAGAGAATTGTCAGGCTgg > 1:374114/1‑289 (MQ=255) cacaGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCAGTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAATCAACCAGTTGGTTTTCTGACCATTAAACAGAATGGCAAAGAGAATTGTCAGGCTGGGcc < 2:9056/289‑1 (MQ=255) gCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAATCAACCAGTTGGTTTTCTGACCATTAAACAGAATGGCAAAGAGAATTGTCAGGCTGGGCCACAGATAGt > 1:666387/1‑289 (MQ=255) 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1:394854/1‑288 (MQ=255) tGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAATCAACCAGTTGGTTTTCTGACCATTAAACAGAATGGCAAAGAGAATTGTCAGGCTGGGCCACAGATAGTTCACCATACCCACTTCAATCGCCTGATGATGGGTCGCCGCATACCCTAAGGAAAGCGCCAGACAGATTTCATa > 1:492410/1‑288 (MQ=255) aTAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAATCAACCAGTTGGTTTTCTGACCATTAAACAGAATGGCAAAGAGAATTGTCAGGCTGGGCCACAGATAGTTCACCATACCCACTTCAATCGCCTGATGATGGGTCGCCGCATACCCTAAGGAAAGCGCCAGACAGATTTCATAGCTGACGa > 1:13876/1‑289 (MQ=255) cGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTACCACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAATCAACCAGTTGGTTTTCTGACCATTAAACAGAATGGCAAAGAGAATTGTCAGGTTGGGCCCAAGATAGTTCACCATACCCACTTCACTCCCCTGCTGATGGGTCGCCGCATAACCTCAGGAAAGCCCCCGACACATTTCATAACTgccatacaaa > 2:472789/1‑280 (MQ=255) 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AATGGTGACATTGCCATGCAATATACCGACATTCCATGCAGCATAAGCAAATCCTAAGGTAAATGCCGCAGAGATGAGTTTAATCATGACGGGCGTGCTAAATATCATTTCTGGTTGTGGCGTAAGAAAATAGTAAACCCACAGACTTGCTCCCGTTAGCAGGACAAAAACGGTAATTCCATTAAATCCGCGTGCGTATTTATTCGTTACTGTGCAATAGGCTGCCCAGATAAACGCACCAATGAACGCCAGGAAATAACTCAATGGGCTGGTGGTGATATTATTGATGATTTCATCATAATGTAACCCATTGTCACCGCCTAACACCCAACAGACGCCGACGAGGGCTAATAATAATCCAGGTACAATCAACCAGTTGGTTTTCTGACCATTAAACAGAATGGCAAAGAGAATTGTCAGGCTGGGCCACAGATAGTTCACCATACCCACTTCAATCGCCTGATGATGGGTCGCCGCATACCCTAAGGAAAGCGCCAGACAGATTTCATAGCTGACGAATAACAGACTCCCGGCGAGTAAATAGCCTTTCGGGATTTG > NC_000913/1546438‑1546995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |