| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 1 (0.020) | 69 (1.070) | 56/276 | 0.1 | 99.3% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATAC > NC_000913/1300558‑1300837 | ttacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata < 2:805737‑M2/3‑1 (MQ=255) gttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat < 1:210142‑M2/8‑1 (MQ=255) ttatttataatgatttccttaactgcttcccctcaccttcatgttatgttcgccagctcatactcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc < 2:296578‑M2/9‑1 (MQ=255) ttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc < 1:402503‑M2/9‑1 (MQ=255) ttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt < 2:746520‑M2/13‑1 (MQ=255) tgatatggatgtccttaactgcttcgcctcgccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt < 2:98780‑M2/13‑1 (MQ=255) taaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttgttttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtggaggaagttgctaaATAATAATCAATTGtt > 1:258427‑M2/128‑143 (MQ=255) taaggatgtccttaactgttcctcctccccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt < 2:64474‑M2/16‑1 (MQ=255) ggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa < 1:999315‑M2/19‑1 (MQ=255) gatttccttaactgcttctcctcactatcatgttagtttcgccacatcataatcctgggcatgctgaagaataattgaaatgatattattaattccacggcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAACTTTTAAat > 2:430789‑M2/124‑143 (MQ=255) tccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattatt < 1:1017029‑M2/24‑1 (MQ=255) ttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAACCAATTGTTAAATTAGtgtg > 2:814241‑M2/117‑143 (MQ=255) ctgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:882549‑M2/113‑143 (MQ=255) ttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac < 2:432800‑M2/35‑1 (MQ=255) ttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac > 1:259331‑M2/109‑143 (MQ=255) ctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTgtgcatttaccta > 2:1028798‑M2/107‑138 (MQ=255) tcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 1:831888‑M2/106‑143 (MQ=255) ctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg > 2:884947‑M2/104‑143 (MQ=255) tcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctggagaataattgaaatgatattatcaattccactgcctttggaagaggacagtgctaaATAATCACCAATTGTTAAATTATTGTGAATTTGACTACTgg > 2:575849‑M2/103‑143 (MQ=255) accatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTACATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 2:788856‑M2/101‑143 (MQ=255) accatcatgttattgtcgccaaatcataatcctgggcgtgccgaagaattattgaaatgatagtattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa < 1:79301‑M2/43‑1 (MQ=255) catcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCCCTACTGGTACt > 1:103045‑M2/99‑143 (MQ=255) catcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt > 1:394576‑M2/99‑143 (MQ=255) atgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACGGTaa > 1:44482‑M2/95‑143 (MQ=255) tgttattttctccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt < 2:91817‑M2/50‑1 (MQ=255) ttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCa < 1:7130‑M2/52‑1 (MQ=255) ttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAGTGTTAAATTCTTGTGCATTTCACTAATGGACCTGTAATCa > 2:760760‑M2/92‑143 (MQ=255) ttttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa < 1:494133‑M2/55‑1 (MQ=255) tttcggcacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa < 2:742782‑M2/56‑1 (MQ=255) tttcgccacatcagaatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa < 1:600691‑M2/56‑1 (MQ=255) ttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTGAAATGATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaaa > 1:1188864‑M2/87‑143 (MQ=255) gccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑At < 2:505545‑M2/60‑1 (MQ=255) ccacatcataatcctgggtttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATa < 1:568099‑M2/61‑1 (MQ=255) ccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATa > 1:631686‑M2/83‑143 (MQ=255) ccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATa > 1:165800‑M2/83‑143 (MQ=255) acatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAC‑Agaga > 2:222756‑M2/81‑143 (MQ=255) acatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTCTAATCAGAAAAA‑TTAGa > 2:514396‑M2/81‑143 (MQ=255) tcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACAt < 1:536780‑M2/66‑1 (MQ=255) ataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTTTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGc < 1:171672‑M2/68‑1 (MQ=255) aatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCtt < 2:353756‑M2/70‑1 (MQ=255) gggcttgctgaagaataattgaaatggtattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATCGTTAAATTATTATGCATTTCACTGCTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTATCCaa > 2:1144945‑M2/68‑143 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAt > 1:1179467‑M2/61‑143 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCACTAt > 2:1123087‑M2/61‑143 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttga < 2:1064433‑M2/87‑1 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttga < 1:860593‑M2/87‑1 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtcgaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTATCCAATCTctatttcaa > 2:220143‑M2/56‑140 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattacactgccgttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgat < 2:414264‑M2/88‑1 (MQ=255) gattgaaatgatcttattaatttcactgtctttggtagaggaaagtgctaaATAATAGTCAATTGTTAAATTATTGTTCATTTCATTCCTGTAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 2:1046251‑M2/92‑1 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 1:573386‑M2/92‑1 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTACCCAATCTCTATTTGattgaat > 2:1064399‑M2/51‑143 (MQ=255) aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTTTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTCTTTGAttgaattgaa > 1:752805‑M2/47‑143 (MQ=255) ttattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgttt < 1:519404‑M2/105‑1 (MQ=255) ttattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACCGCTGAAACTGTTAT‑AGATCGGAAGAGACATGCTTAGCCAATCTCTAGTTGATTGAATTGAAAGAtgttt > 2:1169884‑M2/39‑143 (MQ=255) ttaataattccactgtctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgttt < 2:973033‑M2/105‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttgt > 2:970853‑M2/37‑143 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttgtt > 1:1128589‑M2/36‑143 (MQ=255) aattccactccctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGACAGATGTTTGTtat < 2:261607‑M2/110‑2 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATgg < 2:831888‑M2/117‑1 (MQ=255) tgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGa > 1:571536‑M2/26‑143 (MQ=255) tcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGAt < 1:1084798‑M2/119‑1 (MQ=255) gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTGCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATTCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGAt < 1:452799‑M2/119‑1 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATg > 2:434514‑M2/24‑143 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCa > 2:1094060‑M2/22‑143 (MQ=255) tagaggaaagtggtaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAATGGAACTGTAATGAGAAAAG‑ATAGAAATGAGTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGGta > 2:1204451‑M2/17‑143 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat > 1:94858‑M2/16‑143 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat > 1:488993‑M2/16‑143 (MQ=255) agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCt > 1:664147‑M2/9‑143 (MQ=255) tgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGa > 1:147071‑M2/7‑143 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGAt < 1:1041001‑M2/138‑1 (MQ=255) ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATa < 2:259331‑M2/139‑1 (MQ=255) taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATAc > 1:250319‑M2/4‑143 (MQ=255) taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCAAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATAc > 2:699904‑M2/4‑143 (MQ=255) | TAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG‑ATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATAC > NC_000913/1300558‑1300837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |