New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1396985 = | NA (NA) | 6 (0.120) | 5/272 | 6.6 | 9.1% | noncoding (942/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | = 1427868 | 62 (1.190) | noncoding (927/1196 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATC > NC_000913/1427726‑1428007 | tCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGcc > 2:4862/1‑143 (MQ=255) ggCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGATCGCGTGAGGCGCCAAGCTCGTGTATTAGTGTTTTTCAGCAGCCGCTTGTATCTCGCTGTCACGGAGCCGaa > 2:930355/1‑143 (MQ=9) gTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTg > 2:622072/1‑143 (MQ=255) gTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTg > 2:15860/1‑143 (MQ=255) tttCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGc < 1:614088/143‑1 (MQ=255) cctgTTTTTACCGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTCATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTtg < 2:499724/140‑1 (MQ=255) ccGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGCATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCACTtg > 1:176100/1‑143 (MQ=255) cGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGCCGTATCATTTGGTCCACCCGACACAAGTTGGCCAGGGTGAATCACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTGCAGCGGCCCCTTGTATATAGCGTTACCCAAGCTGCACCGCCGCTcga > 2:178326/1‑143 (MQ=14) ttctACTCAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAGCAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTgatgat < 2:880741/140‑1 (MQ=255) tGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTCGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTCCACGAAGCCCAACTGCCGCCTGATGACGCGaaa > 2:294183/1‑143 (MQ=14) tctcCCACTGTCGTATCATTTTGTCCTCCCGAAACAGGTTGTCCAGGGTTAATAACATCGCAAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCCGGCTTTCACGCAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGc < 1:448034/143‑1 (MQ=14) ctctcggtGACGTATCAGTTGGTCCACCCGAAAGAGGGCGGCCAGGGTGAATAACAGCGCCAGTTGGTTATCGTTGTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCt < 2:284669/136‑1 (MQ=14) ccACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCa > 1:197393/1‑143 (MQ=255) aCTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCCTGATGATGCGCAACGGGTGCTCCAcc > 2:788830/1‑143 (MQ=255) aCGTATCATTTTGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTgg < 1:282705/143‑1 (MQ=255) aCGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGCAACGGGTGCTGCACCCTgg > 1:111522/1‑143 (MQ=255) aTCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACg < 2:88844/143‑1 (MQ=255) aTCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGACACGGGTGCTCCACCCTGGCAct > 1:52838/1‑142 (MQ=255) tCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCAAGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGACACGGGCGCTCCACCCTGGCACgg > 2:893363/1‑143 (MQ=255) tttGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATATGGCTTTCACGAAGCCGCACTGCCGCCTGCTGACGCGAAACGGGTGCTCCACCCCAGCACGGATg > 2:643615/1‑143 (MQ=14) tGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCt < 1:622072/143‑1 (MQ=255) tGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCt < 1:15860/143‑1 (MQ=255) ggccgaCCCGAAACGGGTTGGCCAGGTTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTg < 2:948861/138‑1 (MQ=255) ggTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTg > 2:598245/1‑143 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTtg < 2:951260/103‑1 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTtg > 1:951260/1‑103 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTgg < 2:610566/143‑1 (MQ=255) gTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTgg < 1:565772/143‑1 (MQ=255) ccACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCt > 2:951877/1‑143 (MQ=255) cACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCtt < 1:598245/143‑1 (MQ=255) ccGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCGGGCTTTCa > 2:546685/1‑143 (MQ=255) ctgaaCAGGCTGTCCGGGTTGAATACTAGCGCCTGTTGGTTATCGTTCTTCAGCAGCCCCTTGTAGGTCGCTTTGCCGCAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCAt < 2:237406/140‑1 (MQ=255) gAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATg > 1:915137/1‑143 (MQ=255) gTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCGTGTATTCGa > 1:682773/1‑143 (MQ=255) gTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGa > 1:607607/1‑143 (MQ=255) ttGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGAt > 1:56701/1‑143 (MQ=255) ttGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGAt < 1:201240/143‑1 (MQ=255) ggCCAGGGTGAATAACATCTCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGt < 2:364990/143‑1 (MQ=255) aTAACATCGCCAGTTGGTTATGGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGtt < 2:374793/143‑1 (MQ=255) gCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGCACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCCTTCATGTATTCGCTGTTGGTGCCCCTTCTGTCCtt > 1:74645/1‑143 (MQ=14) gCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCtt < 1:951877/143‑1 (MQ=40) aggtGGTTGTCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTgcg < 1:381752/140‑1 (MQ=255) gttgttGATCTTTCTTCAGCAGCCGCTAGTTTTTACGTTTTACGGAGCCGACCTGCCGCGTGATGATGCGAAACGGGTGGTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTgcgc < 2:418796/143‑1 (MQ=14) gTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTACTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGGTGTTGATGGCCGTTGTGTTCTTgcgc > 2:771164/1‑143 (MQ=255) ttGCTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGACGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAACCGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGcgcg < 1:573274/143‑1 (MQ=255) gTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTAACGCAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCAACGTGGCACGGATGCTGGCGTTCACGTATTCGATGTTCATCGCCGCGTTGTTCTTGCACGTAt > 2:902700/1‑143 (MQ=255) ttATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCGGGCGTTCATGTATTCGCAGCTGATGGCCGTTTAGGGCTTGcacgacag > 2:597036/1‑139 (MQ=14) cGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGc > 1:526078/1‑143 (MQ=255) tttttCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGACGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTGTGCtt > 2:784755/1‑143 (MQ=255) tCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAg < 2:56701/143‑1 (MQ=255) tCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAg < 1:4862/143‑1 (MQ=255) agcagcCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCGCCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATCTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGt < 2:915137/143‑1 (MQ=255) cagcCCCTCGCATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGTGGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGttt < 1:142947/143‑1 (MQ=255) agcCCCTTGTGTCTGGCTTTCGCGAAGCCGAACTGCCGCGTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGGTGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGtttt < 2:442112/143‑1 (MQ=255) gcCCCTTGTATGTGCCGTTCCCGCAGCCGAACTGCCGCTTGATTATGCGAAACGGCTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGttttt < 2:683848/143‑1 (MQ=17) gcCCCTTGTATCGGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCAGGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGttttt < 1:215795/143‑1 (MQ=255) ccTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTAcc > 1:171589/1‑143 (MQ=255) cTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCt < 1:294183/143‑1 (MQ=255) tcgTATCGGGCTTTCACGTGGCTGAACTTCTGCTTGATGTTGCGAAACGGGTGCTCCTCCCTGTCACGGATGCTGTGTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCTTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCtt < 2:141772/141‑1 (MQ=17) gTATCTGGCCTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGc < 1:897441/143‑1 (MQ=255) tttCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCt > 1:664536/1‑143 (MQ=255) tttCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCt > 1:565207/1‑143 (MQ=255) aGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATc < 1:835513/143‑1 (MQ=255) | TCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATC > NC_000913/1427726‑1428007 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |