New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1644844 | 57 (0.930) | 4 (0.070) | 4/470 | NT | 6.2% | coding (59/252 nt) | rem | Qin prophage; uncharacterized protein |
? | NC_000913 | = 1645012 | 67 (1.150) | intergenic (‑110/+107) | rem/hokD | Qin prophage; uncharacterized protein/Qin prophage; small toxic polypeptide |
TCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAATTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGGCGATTAACATCGCCTTTTGCTGCTTCATAGCCTGCTTCTCCTGTCAACG > NC_000913/1644748‑1645295 | tccgtGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAATTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATaaaaacaaaaac > 2:380671/1‑288 (MQ=255) 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aaccACAAAATTACTTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACCTAATGCCGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAATTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGtt < 2:12522/287‑1 (MQ=255) ttaaCGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAATTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGt > 2:113058/1‑289 (MQ=255) aaCGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAATTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTg < 1:569810/289‑1 (MQ=255) 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ccTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACgcgttgaaaatggaaatcttgttagtcattaccgcattatgtgtttgcgaaagaatggggctgcgttaattaattttgtggatgctcgggtcacggacggatttatcttgcgcgaaggtgagtttgtcacttcattacaggcattgaaagagatcggaataaaagctggcttttctgctttttcaggagaataaactcatctacaatcttgcgcggggctgaactcccgctg > 1:485227‑M2/1‑57 (MQ=255) gcgcgctcTAATTAAGTATTCTTGACTCTAATCCGGCACGCTGCAGAACTTCATACGCATTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCTGTGAGGATCCCTGCCCCATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCGGCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAgg < 2:469881/287‑1 (MQ=255) cTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGtt < 1:125848/94‑1 (MQ=255) cTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGtt > 2:125848/1‑94 (MQ=255) cTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAgg > 2:289749/1‑289 (MQ=255) cgcgcTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGGCg > 1:58903/1‑289 (MQ=255) tttttGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCCGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGCCGATTAACCTCGCCttt > 2:530029/1‑289 (MQ=255) tttGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGGCGATTAACATCGCCtttt > 2:343101/1‑288 (MQ=255) tCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGGCGATTAACATCGCCTTTtgct < 1:51674/285‑1 (MQ=255) tCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGGCGATTAACATCGCCTTTtgct > 2:51674/1‑285 (MQ=255) cGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTTAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGGCGATTAACATCGCCTTTTGCTGCTTCATAGcc < 2:254483/289‑1 (MQ=255) gTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGCCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGAt > 1:438203/1‑245 (MQ=255) gTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGCCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGAt < 2:438203/245‑1 (MQ=255) 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cAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGGTGATTAACATCGCCTTTTGATGCCTCATTGCCTGCTTACCCTTTCAACg > 2:259262/1‑288 (MQ=255) | TCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAATTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCCGGGTCTCTTACTCCTCAGGTTCGTAAGCTGTGAAGACAGCGACCTCCGTCTGGCCGGTTCGGATTCGTACCTCGCAGAGGTCTTTCCTCGTTACCAGTGCCGTCACTATGACGGTTAAACAGATGACGATCAGGGCGATTAACATCGCCTTTTGCTGCTTCATAGCCTGCTTCTCCTGTCAACG > NC_000913/1644748‑1645295 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |