| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,313,540 | Δ2 bp :: IS186 (+) +6 bp | coding (53‑58/2673 nt) | rcsD → | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2313540 = | 0 (0.000) | 53 (0.930) | 42/274 | 0.3 | 100% | coding (53/2673 nt) | rcsD | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
| ? | NC_000913 | = 2515617 | NA (NA) | noncoding (1345/1345 nt) | IS186 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 2313545 | 0 (0.000) | 48 (0.830) | 43/278 | 0.3 | 100% | coding (58/2673 nt) | rcsD | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
| ? | NC_000913 | 2514275 = | NA (NA) | noncoding (3/1345 nt) | IS186 | repeat region | |||||
TCAATCAGGTAAGAGTCTGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGT > NC_000913/2313402‑2313678 | tcaatcaGGTAAGAGTCCGGAATTTCACACTGTACCCTTAGTTGAAAATGATTTCTTCCCGAAGTTTTAACCGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCAtt < 1:446789/143‑1 (MQ=255) ggtggccactcgtggtacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagatcgcgaggcatcgtcttaacgatgcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGc > 2:424282‑M1/133‑143 (MQ=255) gtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagctggttcaacccttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGct < 1:805612‑M1/12‑1 (MQ=255) gTAAGAGTCTGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTAccataag > 1:205363‑M1/1‑136 (MQ=255) gcgatgcgcgggacggtatccctggcagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGcttct > 2:186337‑M1/129‑143 (MQ=255) tGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGACTG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCATTTCACTCCTACCGGGTAGCATTAccacgagcgcgaccgc > 2:825642‑M1/1‑127 (MQ=255) tGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTAccataagcgctaactt > 1:691982‑M1/1‑127 (MQ=255) tGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTAccataaccgctaactt > 1:957663‑M1/1‑127 (MQ=255) gtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaatggaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACt > 1:512806‑M1/122‑143 (MQ=255) 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1:873999‑M1/34‑143 (MQ=255) gatggttcaacccttaagttagcgctgatgggaGCAGTACCCGCTTCTGTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTc > 1:340926‑M1/34‑143 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGa > 2:213250‑M1/32‑143 (MQ=255) ggttcaacccttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGAc > 1:832719‑M1/31‑143 (MQ=255) cACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTAccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgatggctggggtgtaattctggcccacagtggtagtc > 1:441660‑M1/1‑35 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTAc < 1:581051‑M1/118‑1 (MQ=255) cccGCTGTTCACTCCTACCGGGGAGCATTAccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaa < 1:951547‑M1/143‑114 (MQ=255) atccttgagttagtgcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTAcc > 1:573171‑M1/25‑143 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTTATGTTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTAcc > 2:700061‑M1/25‑143 (MQ=255) ccGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTAccataagagctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattaaacgtgccgatgaattactctcacgataacgggtcagcaatgctggcccatatcggtgagcccgaag > 2:870418‑M1/1‑29 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGATACCAGATTGTCGACATTACCCAt < 2:22104‑M1/122‑1 (MQ=255) gttagcgcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTAt > 1:901146‑M1/17‑143 (MQ=255) tCCTACCGGGGAGCATTAccataagcgctaactaaagggttgtggcatcacgcctgataagatgtaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatact > 1:1038828‑M1/1‑18 (MQ=255) gcttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCaaaa > 2:191413‑M1/11‑143 (MQ=255) tACCGGGAAGCATTAccatgagctataatttaaggtggggggtattacgcctcatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcg < 1:537653‑M1/143‑129 (MQ=255) cttgtgggaGCATCACCCGCTGCTTTTTGCGCGTGAGCATTGTGTTACCGGGGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAg > 2:311208‑M1/10‑143 (MQ=255) ttatgggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCAGTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAGGATGAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCAAGGCTATAAAAAAgc < 1:463552‑M1/135‑1 (MQ=255) aCCGGGGAGCATTAccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcgg > 1:809330‑M1/1‑14 (MQ=255) tatgggaGCATTACCCGCTTCTCTTTACTGCTCATCATTGTGTTACGGGTGACGATGGGTGTACGGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAgcg > 1:83910‑M1/8‑143 (MQ=255) cGGGGAGCATTAccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggca < 1:496373‑M1/143‑132 (MQ=255) gggaGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTACTGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGGAGGATAAAAGTAACCAGACTGGCGACATTACCCATGCTATCCAAACGCGCGt < 2:121058‑M1/139‑1 (MQ=255) | TCAATCAGGTAAGAGTCTGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGT > NC_000913/2313402‑2313678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |