| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 96.6% | 172.7 / NA | 60 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (26/31); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184406‑4184681 | ggctattAAACTCCGTATCAAGCTTGGTGACTACATCGCAGGTCGTCCCATTAACATCGGTGTAATTTCTAATATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAATCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg < 2:172913/138‑1 (MQ=255) ggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCg > 2:958878/1‑143 (MQ=255) ggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGAAAAGCCATCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCg < 2:466814/143‑1 (MQ=255) ccGTATCCAGCATGGTGACACGTTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTAGGCGTACCGtctc < 2:354173/143‑1 (MQ=255) agccAGCCGGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGTGTGTAATTTCTTAGATCCACCCTCTGGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 2:511189/141‑1 (MQ=255) aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGCAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 2:21214/143‑1 (MQ=255) gccAGCCGGGTGACAACACGGCACGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTCCGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 2:806071/142‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATTAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGa < 1:851235/143‑1 (MQ=255) cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGGACCGTCCCGTAGGaa > 2:843714/1‑143 (MQ=255) ccTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACAt > 2:319159/1‑143 (MQ=255) gggTGGCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 2:237322/142‑1 (MQ=255) gTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTCCTGAACAGGCTGCGCCGACGGTCTGCTATGAACATCGGt > 2:216082/1‑143 (MQ=255) gACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTATAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTAGTAAGAACAACGGTCa > 2:645533/1‑143 (MQ=255) aCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAg < 1:651128/143‑1 (MQ=255) cAAGATGGCATGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAACACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGa < 2:849758/143‑1 (MQ=255) aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGAt > 1:479769/1‑143 (MQ=255) aGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATc < 1:189759/143‑1 (MQ=255) aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGCTCCt > 2:925179/1‑143 (MQ=255) aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATcgt > 2:65654/1‑141 (MQ=255) tGGCAGGTGGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 2:339869/143‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGGCGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGCCTGAGCCGCGGGCAAATCCTcc > 2:159998/1‑142 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:574286/143‑1 (MQ=255) cgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGACAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCa > 2:250698/1‑143 (MQ=255) gtcACGGTACCAAGAGTATAATTACTTCAACCCACCCCACCCAAGATATGCCTTACGATGACAACGCTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGCTCGTCCCGTCTCGTGTGAACATCGGTCCGATCCTCGacacgccc > 2:231589/1‑139 (MQ=255) tcACGGTAACAAGGGGGTAAGTTCTAAGATGAACCCGATGGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAcc < 2:1020742/143‑1 (MQ=255) cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGCCCATCGGTCCGCTCCTCGAAACCCAccc > 2:464547/1‑142 (MQ=255) aCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTg > 1:365581/1‑143 (MQ=255) aCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGCCAGATCCTCGCAAccccccgg > 2:490954/1‑141 (MQ=255) cGGTAACTCCGGCGTAATTTCTTCGATCACCCCGATCCAAGATATGCCTTACGATGAAACCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 1:104725/143‑1 (MQ=255) ggTAACAAGGGTGTAATTTATAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACAGTCTCGAATGAACATCGTTCAGATACTCGAAACACACCAgga > 2:464804/1‑142 (MQ=255) ttAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAACATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCTGTAGACATCGTACTGAACCAGCTTGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGt < 1:395673/142‑1 (MQ=255) tAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTGGTGGGGGCGCAGACCCAACAGTGTCGTGTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACATGGGTa > 1:489635/1‑143 (MQ=255) aaCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTAt < 1:675968/143‑1 (MQ=255) aaCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATAGGTCAGATCCTCGAACGCCACCTGGGtgt > 2:575502/1‑141 (MQ=255) cAAGGGTGTAATTTCTGGGACGAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAGCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATgg < 2:504748/143‑1 (MQ=255) aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTAGGGc > 2:454753/1‑143 (MQ=255) gggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTg > 1:877923/1‑143 (MQ=255) gttgtACTTTCTATGTTTACTCCGATTGAGGTGATTCCGTACGATGGAAACGTTACGCCGTTAGACATTGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGc < 2:509541/141‑1 (MQ=255) tgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGa > 1:954262/1‑143 (MQ=255) tAATTTCTGAGATCAACCATATGCAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGACCCAGCTGGGAGTACCGGCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:354114/143‑1 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:958878/143‑1 (MQ=255) tAATTTCTAAGAGCGACCCGATCGAAGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 2:486249/143‑1 (MQ=255) aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTCCCGTCTCGTATGAACATGGGTCAGATCCTCGAAACCAACCGGGGTGTTGCTCCGACAGGTAtggccgg > 1:464342/1‑137 (MQ=255) aaCCCGATCGAACATATCCCCTACGATGTATACGGTCCGCCGGTAGACATCGTACTGACCCAGCTGGGCGTCCCGCCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTTTCGGCGACaa < 1:22351/143‑1 (MQ=255) cGAGCGAAGATACGCCTTGCGACGCAAACAGTACGCCCGTAGACGTCGTACTGTGCCCGCTGGGCGCACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATc < 2:801208/143‑1 (MQ=255) tCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 2:534040/143‑1 (MQ=255) gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGc < 2:365581/143‑1 (MQ=255) tgATGTGGCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCa < 2:564405/142‑1 (MQ=255) gCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGa > 2:218522/1‑143 (MQ=255) cTTACGATTAACACGGTACGCCGTTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 2:950052/143‑1 (MQ=255) cTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa > 2:995324/1‑143 (MQ=255) cGATGTAGACGGTACGCCTGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagc < 2:566695/143‑1 (MQ=255) aaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTGTGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaag > 2:438484/1‑143 (MQ=255) gTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGTTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTc < 1:538129/143‑1 (MQ=255) tACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcc > 2:657424/1‑142 (MQ=255) tACGCANGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCNTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGCATGGCTGCGAAAGGTNTCGGCGACAAGATCAACNCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcg > 2:883547/1‑143 (MQ=255) aCGCCGGCAGACATCGTACTCAACCAGCTGGGCGTACCGGCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGTCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcgc < 1:309295/143‑1 (MQ=255) cATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGcgcg > 1:55236/1‑143 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCGGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGACGCGAAACTGCGGGAATTCATccg > 2:554056/1‑142 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGGCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa < 2:479769/143‑1 (MQ=255) | GGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184406‑4184681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |