| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 98.3% | 171.3 / NA | 60 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (26/33); total (27/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAT > NC_000913/4184405‑4184674 | tGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGACTTACGATGAAAACGGTACGCCGGAAGACATCGCGCTGAACCCGcag > 2:251994/1‑141 (MQ=255) ggtggTTAAACGCCGTAGCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg < 1:544272/140‑1 (MQ=255) ggCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg > 2:1001419/1‑143 (MQ=255) ggCGGGTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg < 2:827512/143‑1 (MQ=255) cGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGc < 1:407629/143‑1 (MQ=255) tAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc > 1:62633/1‑143 (MQ=255) aaaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGAAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGCAcc > 2:664823/1‑143 (MQ=255) aaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCg > 1:50197/1‑143 (MQ=255) ccGTGTCCGGCCTGGGGACAAGAGGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGAAAGAACATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtctc < 2:826378/143‑1 (MQ=255) tCCAGCCCGGTGACAAGACGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTCCGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 1:1047793/143‑1 (MQ=255) cTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTATCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCGTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCATACGGAACCAGCTGGCCGTACCGCCCCGTATGAACATc > 2:1031384/1‑143 (MQ=255) gggTGGCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 1:685913/142‑1 (MQ=255) gACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCa < 1:384439/143‑1 (MQ=255) ggagcgCAGTTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAATATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGATCCAGCTGGGCGTTCTTTCTCGTATGAACATCGGTCAGATc < 2:502341/138‑1 (MQ=255) aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCt < 1:69379/143‑1 (MQ=255) 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2:1030549/1‑143 (MQ=255) ggTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg < 1:409656/143‑1 (MQ=255) ggTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGACTTACGATGAAAACAGTACGCCGGTAGAACTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTGTCGTAAGAACATCGGTCCGAACCTCGAAAACGAACTgga > 2:385187/1‑142 (MQ=255) cAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATgg < 1:727193/143‑1 (MQ=255) aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGGATGAACATCGTTCAGATCCTCGAACTCCAGCTGGGTATGGc > 1:400551/1‑143 (MQ=255) gggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTg > 1:256405/1‑143 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGCAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGACCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:1017644/1‑143 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATTCCGTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:1099235/1‑143 (MQ=255) tttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt > 1:609794/1‑143 (MQ=255) tttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt > 1:1041530/1‑143 (MQ=255) ttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTTGATACACACCTGCGTATGGCTGCCAGAGGTa > 1:403994/1‑143 (MQ=255) tAAGACCAACCCGATCGCATATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg < 2:701788/143‑1 (MQ=255) aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGa > 1:719526/1‑143 (MQ=255) aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGa > 1:891012/1‑143 (MQ=255) tCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGGGAAAGGTATCGGCGAc > 2:818536/1‑143 (MQ=255) aCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAg < 2:676900/143‑1 (MQ=255) gATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGCACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGCTATGGCTGCGACAGGTATCGGCGACAGGAtac > 2:115821/1‑141 (MQ=255) aTCGAAGATATGCCGTACGATGAAAACCGCACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGGATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCaa < 1:1031384/143‑1 (MQ=255) tCGAAGATAGGCCGTACGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 1:61180/143‑1 (MQ=255) tCGAAATTACGCCTTACCATTAAAACTGCACGCCCTTCGACATCGTACTGAACCAGCTGAGCGTACCGTTTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGTTATCGGCGACAAGATCAAc < 2:70294/143‑1 (MQ=255) tatGCGTTACGATGAAAACTATATACTTTTAGACGTCGTTCGGGACCAGCTCGGCGTACCGGCTTGTATGAACGTCGTTCACATCCTCGAAAGCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTTTCTGCGACAAGATCAACGCCATgt < 2:428600/143‑2 (MQ=255) atGCCTAACGATGAAACCGGTACGCCGCTAGACATCGTACTGCACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGGATGAACATCGGCAAGATCCTCGAAACCCACGTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCt < 2:191950/143‑1 (MQ=255) tGCCTTACGACGACAGCGGCACGCCGGTAGACATCGTCCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTg < 2:32549/143‑1 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAc > 1:214698/1‑143 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAACTGGGGATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAc > 1:1037987/1‑143 (MQ=255) aCGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCACACGGATGTTGCGACAAGATCAACGCAATGCTGAAAcag > 2:224218/1‑143 (MQ=255) aggAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag < 2:162054/141‑1 (MQ=255) aaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaaga < 1:809056/143‑1 (MQ=255) 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1:899063/143‑1 (MQ=255) gcATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcgc < 2:703150/142‑1 (MQ=255) aCAGCGTACGTACCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAGCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcgc < 2:703198/143‑1 (MQ=255) aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGGATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAAATGTGCGa < 2:730574/143‑1 (MQ=255) tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTACGTTCCACTAAACCCACCTGAGTCTGGCGGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:459729/143‑1 (MQ=255) tCGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGGATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 2:50197/143‑1 (MQ=255) cGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATTAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGGCGCGAAACTGCGCGAAt < 1:716073/143‑1 (MQ=255) | TGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAT > NC_000913/4184405‑4184674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |