New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1417458 = | 62 (1.170) | 4 (0.080) | 4/264 | 7.1 | 6.4% | intergenic (‑72/+30) | recE/racC | Rac prophage; exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease/Rac prophage; uncharacterized protein |
? | NC_000913 | 1417483 = | 59 (1.200) | intergenic (‑97/+5) | recE/racC | Rac prophage; exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease/Rac prophage; uncharacterized protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCA > NC_000913/1417319‑1417599 | aGGACGCCGTCAGGTCCACCGGATGATTTTTTCCCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTCACCGCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAg < 1:135216/143‑1 (MQ=255) gacgacGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGcc < 2:751244/143‑1 (MQ=255) acgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACAGTGTTCCTAGcgcgcg > 2:108953/1‑138 (MQ=255) cgTCAGGTTCAGCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTGAACCTCAACTCGGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgcgc < 2:730260/143‑1 (MQ=255) cgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgcgc < 1:280405/143‑1 (MQ=255) ggTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgcgtatggc < 1:715892/143‑7 (MQ=255) gTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACAGTGTTCATAGCCTGCTCCCTACg > 1:76205/1‑143 (MQ=255) aCCGGATGATTGTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTGTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAgg < 2:512640/143‑1 (MQ=255) ttttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTCAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCTGGCtctttctt > 1:817061/1‑143 (MQ=255) tttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTAtttcttt < 1:912347/143‑1 (MQ=255) ttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCACACGCAGGCTAtttctttc > 2:584397/1‑143 (MQ=255) tttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCa > 2:335704/1‑143 (MQ=255) cGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTATAATTCGTTTTGTTCAGTGAATCATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGAt < 2:743792/143‑1 (MQ=255) cTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCCGGCTATTTCCTTCAGAttt > 1:808688/1‑143 (MQ=255) cTTTCCGTAAAATGAAGTGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTACCCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGAttt < 1:128393/143‑1 (MQ=255) aaCAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCtttt < 1:655268/143‑1 (MQ=255) aGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAAt > 2:720406/1‑143 (MQ=255) aGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAAt < 1:206954/143‑1 (MQ=255) gagTGGTTTTGTGCTCATGGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCAt < 1:802874/143‑1 (MQ=255) gTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGTAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAGTTTCATTGCaa > 1:899791/1‑143 (MQ=255) ttGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTa > 2:367862/1‑143 (MQ=255) tgCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTtgag > 1:147908/1‑143 (MQ=255) cTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTGGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATGCGCAGGCTATTTCGTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATGGCAATTAGAGtt > 2:366944/1‑143 (MQ=255) ttGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCa > 2:390009/1‑143 (MQ=255) ttGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTAAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTACTTTCATTTCATTTAGAGTTGCCa > 1:42100/1‑143 (MQ=255) ttGTTTTTGGACCTCAACTCAGATCAAAATACGGTTTGTTCAGTGAATGCTCTTGCCGGATACACACTGTTCTTAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCCTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCa < 1:745305/143‑1 (MQ=255) tGTTTTTTAACCTCAACTCAGTTTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAg < 1:385945/143‑1 (MQ=255) ttttttAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCCGaa > 1:732258/1‑143 (MQ=255) ttAACCTCAACTCAGTTTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTc < 2:656774/143‑1 (MQ=255) tAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAACTTCg > 2:898604/1‑143 (MQ=255) aaCCTCAACTCCGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCgg < 2:231619/143‑1 (MQ=255) aaCCTCAACGCAGATTCAAATTCGTTTTGTTCTGCGCGTCATCTGGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTGCAGATTCCACCTTGTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCgg < 2:418408/143‑1 (MQ=255) ccTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑t < 1:335704/143‑1 (MQ=255) cTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATGTCTTTCAGATGTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑tt < 1:164517/143‑1 (MQ=255) tCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAGTTCGGC‑ttt > 1:430706/1‑143 (MQ=255) aCTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑tttttt < 2:209343/143‑1 (MQ=255) tCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑tttttttt < 1:862431/143‑1 (MQ=255) aTTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGc > 2:434527/1‑143 (MQ=255) tAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGctg < 2:247465/143‑3 (MQ=255) aaaaTTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCggg > 1:569932/1‑143 (MQ=255) aaaTTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGc > 2:538626/1‑143 (MQ=255) ttttGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTCTTTCTTTCAGCTTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGTGCAGATTCt > 1:468315/1‑143 (MQ=255) tttGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCtt < 1:240978/143‑1 (MQ=255) ttGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCtt < 1:508804/143‑1 (MQ=255) tGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAGTTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTc < 2:344038/143‑1 (MQ=255) gTTCAGTGAATGATCTTGCCGGCTACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGCTTCTTTcc > 1:679237/1‑143 (MQ=255) ttCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCg > 1:561753/1‑143 (MQ=255) tctgTGAATGTTTTTGCCGGATACACACTGTTCATTGCCTGCGACATAGGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCGTTTAATTTCCTTGCAAGTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGa < 2:567216/140‑1 (MQ=255) aGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGTAATTCTGC‑TTTTTTTTTTTCTGGCATATTATTTCCGata > 2:659840/1‑143 (MQ=255) tGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTGCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATg < 2:170267/143‑1 (MQ=255) acgATCTGCCCGGATCCCCACTGTTCATAGCCTGCGCCATCCGACCGATATTGCGTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCATTTAGAGTTGCCAGAAATCCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCAc < 1:944736/141‑1 (MQ=255) ctgttGCCGGATACTCACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTCATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAg < 2:663193/140‑1 (MQ=255) tctgtccGGATACACACTGTTCATATCTTGCTCCATACTCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGATATTCGGCTTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAg < 2:151232/138‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAgg < 1:720406/143‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAgg < 1:815570/143‑1 (MQ=255) ccGGATACACACTGTTCGTAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAt < 2:439591/143‑1 (MQ=255) gATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCCGGCTATTTTTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCCTTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCGGATTCTTTCCGATACGCACCCGGCACTtttt > 1:748921/1‑143 (MQ=255) tACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAtttttt < 1:904118/143‑1 (MQ=255) acacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTTTGCGGGCAGCTTCTTTCCGATATTCACCAGTCACTTTTTTTTGa > 2:536223/1‑143 (MQ=255) acTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTAATTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAAATCGGC‑TTTATTCTCCTCTTTTGTATTCTTTCCGATATGCACAAGGCACATTTTTTTGaca > 1:595205/1‑143 (MQ=255) ttCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCtt < 2:569932/143‑1 (MQ=255) cATAGGCTGCGGCATACGCAGGGTATGTCTTTCAGATTTCACCTTTGAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTtca < 2:732258/143‑1 (MQ=255) | AGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGC‑TTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCA > NC_000913/1417319‑1417599 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |