| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,876,376 | G→T | intergenic (‑47/‑205) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,876,376 | 0 | G | T | 98.2% | 156.8 / ‑4.5 | 55 | intergenic (‑47/‑205) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (31/22); total (33/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
CGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGT > NC_000913/2876240‑2876515 | cGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACtata < 2:858847/143‑1 (MQ=255)cGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACtata < 1:831958/143‑1 (MQ=255) aTTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTGGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATCCCGCTATTT‑TCTTGCACTCAGATCTTTCTTCTATAgtg > 1:871351/1‑141 (MQ=255) ttGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGCTTCTACTATAGGGAg > 2:866089/1‑143 (MQ=255) agaATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGt > 1:412525/1‑143 (MQ=255) agaATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGt > 1:218938/1‑143 (MQ=255) gaATTCTGCCGCCACCTCGCGAATGATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTa < 1:829078/143‑1 (MQ=255) aaTTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCCGCTGTTTCTACTATAAGGAGCGTaa > 1:845780/1‑143 (MQ=255) aaTTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGATATTT‑TCTTGCCTTGAAATGTTTCTACTATAGGGAGCGTaa < 2:834322/143‑1 (MQ=255) ttCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAaga < 2:371608/143‑1 (MQ=255) gccgccACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCTGCTAGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAAc < 1:649738/143‑1 (MQ=255) gccgccACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAAc < 1:519216/143‑1 (MQ=255) ccgccACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACg > 1:757573/1‑143 (MQ=255) ccgccACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTCTGCCATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTACAGGGAGCGTAAGAGAACg > 2:468902/1‑143 (MQ=255) cgccACCTCGCGAAGAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGCACGa > 2:429931/1‑143 (MQ=255) 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< 1:110323/143‑1 (MQ=255) ccAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAAc > 1:772479/1‑143 (MQ=255) cAGTGGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑ACTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACg < 1:905806/143‑1 (MQ=255) gTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGa < 1:813623/143‑1 (MQ=255) gCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCCATACAACCAAAACGCATG‑GAGTAGTTGTAAAGACGAAGCGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTGCCGATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACg > 1:442832/1‑143 (MQ=255) ggTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGAtt > 2:36762/1‑143 (MQ=255) 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1:362232/143‑1 (MQ=255) cctgtATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCTATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCg < 2:63228/139‑1 (MQ=255) ccGCTATTT‑TGTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCg < 1:424110/143‑1 (MQ=255) cGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCgg < 1:21400/143‑1 (MQ=255) gCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCggg < 1:331704/143‑1 (MQ=255) tt‑tCTTGCCATCAGATGGTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGttt < 1:305588/143‑1 (MQ=255) gtCTTGCCATCAGATGGTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTCACGCACCGGATTTCGGGCGTTTa < 2:835897/142‑1 (MQ=255) ccATCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGa > 2:840437/1‑143 (MQ=255) aTCAGATGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGCGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATCTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGAtc > 2:474019/1‑142 (MQ=255) ataTGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATGAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCGTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGa < 1:51885/141‑1 (MQ=255) agttttCTAGTAGAGGGACCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAACTAGAATTAGTAGTTTGTTAACGGAATAACGCTTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGaaa < 2:58525/140‑1 (MQ=255) aTGTTTCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGCTTAGGTAGATTTGaaa > 1:589102/1‑143 (MQ=255) ttCTACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGt < 1:468902/143‑1 (MQ=255) | CGGATTTGAGAATTCTGCCGCCACCTCGCGAATAATGTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTT‑TCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGT > NC_000913/2876240‑2876515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |