| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,455,874 | A→G | 6.7% | T99T (ACA→ACG) | gspC → | general secretory pathway component, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,455,874 | 0 | A | G | 6.7% | 198.8 / 3.5 | 60 | T99T (ACA→ACG) | gspC | general secretory pathway component, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/19); new base G (2/2); total (39/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
AGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTGAACCCTCGT > NC_000913/3455622‑3456162 | aGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAg > 1:915364/1‑289 (MQ=255) attattTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAAc > 2:638683/1‑253 (MQ=255) attattTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAAc < 1:638683/253‑1 (MQ=255) attattTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAAGCAGGAAACACTTAAGCTCTCTATAGCGCTTCATGGCATTGTACTCACGTCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGGGAACAAAAGCGATACTTACTCAACGAAGCCCTTGAGTCa > 2:823251/1‑288 (MQ=255) tgtgAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACg > 2:612932/1‑289 (MQ=255) aaTTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTtta > 2:430628/1‑289 (MQ=255) ttCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTCATCAACCAACAAACGAATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTCAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATAAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACCCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGTAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGCTGCAGAGCCGGGAACGTttattaaca > 2:653689/1‑286 (MQ=255) cTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCAGGGAACGTTTATTAGAAAAataaataa > 2:212992/1‑289 (MQ=255) taGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGCACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCACCGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAAGGTTTATTAGAACAATAAATaaaa > 2:400350/1‑288 (MQ=255) aaaaaTGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCg > 1:971774/1‑289 (MQ=255) aaaTGGACAGATCATTAATCAACCAACGAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGtt > 1:705662/1‑289 (MQ=255) aaTGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTtg > 2:285927/1‑289 (MQ=255) aaccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAgc > 2:954679/1‑229 (MQ=255) aaccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAgc < 1:954679/229‑1 (MQ=255) aaccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTCTTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCa > 2:86726/1‑289 (MQ=255) aaccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGtt > 2:668007/1‑269 (MQ=255) aaccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGtt < 1:668007/269‑1 (MQ=255) accaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTtaattaat < 2:780215/178‑1 (MQ=255) accaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTtaattaat > 1:780215/1‑178 (MQ=255) ccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGaaaaa > 1:55020/1‑250 (MQ=255) ccaacAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGaaaaa < 2:55020/250‑1 (MQ=255) aaCGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGaaa < 1:135476/289‑1 (MQ=255) cATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGt > 1:426530/1‑289 (MQ=255) ttCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTa > 1:594577/1‑287 (MQ=255) tttCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCtccatcca > 1:826531/1‑289 (MQ=255) cGTAACGAAAAGCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTAGAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGGGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAag < 1:284359/288‑1 (MQ=255) tAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCAGGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAagca > 2:423037/1‑288 (MQ=255) tAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAagca > 1:175588/1‑288 (MQ=255) aaCGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGGCTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAagcagc < 2:705662/289‑1 (MQ=255) tGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTc < 1:212992/289‑1 (MQ=255) gCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCg < 1:285927/289‑1 (MQ=255) gCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTATATAGCGCTTAATAGCATTGTACTCACGTCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCg < 1:823251/289‑1 (MQ=255) tAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGcc < 1:430628/289‑1 (MQ=255) aTCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCa > 1:17597/1‑288 (MQ=255) aGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCg > 2:555160/1‑255 (MQ=255) aGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCg < 1:555160/255‑1 (MQ=255) aGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATg < 2:470927/288‑1 (MQ=255) aGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATg > 1:470927/1‑288 (MQ=255) tctATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACGTCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGaa > 1:792937/1‑234 (MQ=255) tctATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACGTCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGaa < 2:792937/234‑1 (MQ=255) tctATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAAc > 1:872270/1‑289 (MQ=255) tctATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGACCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCAGCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAACTGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACCCCTATACGTGATGgagatc > 2:459985/1‑287 (MQ=255) cgcTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGaaaaa < 1:899708/129‑1 (MQ=255) cgcTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGaaaaa > 2:899708/1‑129 (MQ=255) gcTTAATGGCATTGTACGCACATCGAATGATTCGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGAtata < 2:582117/288‑1 (MQ=255) cTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACg > 2:421301/1‑289 (MQ=255) ttAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGa < 1:793010/271‑1 (MQ=255) ttAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGa > 2:793010/1‑271 (MQ=255) ttAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACgg > 1:387499/1‑289 (MQ=255) ttAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACgg > 1:8496/1‑289 (MQ=255) ttAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACgg > 2:472521/1‑289 (MQ=255) aaTGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGaa > 1:569485/1‑276 (MQ=255) aaTGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGaa < 2:569485/276‑1 (MQ=255) aaTGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACgg > 1:848807/1‑287 (MQ=255) aaTGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACgg > 1:582117/1‑287 (MQ=255) aaTGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACgg > 1:653662/1‑287 (MQ=255) aaTGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACgg > 1:887314/1‑287 (MQ=255) tGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCtt < 2:826531/289‑1 (MQ=255) tGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTg > 1:767211/1‑289 (MQ=255) aCTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTGaa < 2:17597/288‑1 (MQ=255) aTCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCg > 1:94909/1‑221 (MQ=255) aTCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCg < 2:94909/221‑1 (MQ=255) aTCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTGAACCCTCGt > 2:834847/1‑289 (MQ=255) | AGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTTGTCTTAATTAATGAGGGGAGCGAACAAAAGCGATACTCCCTCAACGAAGCCCTTGAGTCAGCGCCGGGAACGTTTATTAGAAAAATAAATAAAACCAGCGTTGTGTTTGAAACTCACGGGCATTACGAAAAAGTAACTCTCCATCCAGGGCTACCTGACATCATCAAGCAGCCTGATTCAGAAAGTCAAAATGTACTCGCTGATTATATTATCGCCACGCCTATACGTGATGGAGAACAGATATACGGGCTTCGATTGAACCCTCGT > NC_000913/3455622‑3456162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |