| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,301,361 | Δ1 bp | 2.8% | coding (1391/2487 nt) | napA ← | nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,301,360 | 0 | T | . | 2.8% | 489.6 / 3.6 | 142 | coding (1392/2487 nt) | napA | nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/69); new base . (2/2); total (71/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CGCTTCGCCCGGTGCCTGTACCTGTTGACGCCAGAACTGAGTACGGCGTTCGGCGTTACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGTTGCCCGGTCA‑GGGAGAACGGACCGCAACCCGGCTGGGAAATTTTGCCGGTCAGCAGGTGCAGGTTGTAGACCAGGTTGTTAGCCCACACGCCACGAGTATGCTGGTTGAA > NC_000913/2301087‑2301632 | cgcttcgcCCGGTGCCTGTACCTGTTGACGCCAGAACTGAGTACGGCGTTCGGCGTTACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCGCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCCCGGTCtt > 1:773909/1‑275 (MQ=255) 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CGCTTCGCCCGGTGCCTGTACCTGTTGACGCCAGAACTGAGTACGGCGTTCGGCGTTACCGTAAGCGCCCTCTTTCTCTACCCACATTGCGGTCGGCAGGATCAAGTCGGCGGCCAGCGCACTGACTGTCGGATACGGATCGGAGACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGTTGCCCGGTCA‑GGGAGAACGGACCGCAACCCGGCTGGGAAATTTTGCCGGTCAGCAGGTGCAGGTTGTAGACCAGGTTGTTAGCCCACACGCCACGAGTATGCTGGTTGAA > NC_000913/2301087‑2301632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |