| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 153,892 | Δ1 bp | 2.7% | coding (1535/2598 nt) | htrE ← | putative outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 153,891 | 0 | T | . | 2.7% | 557.2 / 3.9 | 148 | coding (1536/2598 nt) | htrE | putative outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/71); new base . (2/2); total (75/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TATTTGAGTATCAATACTCTGGAAACCTGAAGTACGTTGTTCAGTGCCAAGTAATTTTTCAATTGGAATGGTGAAACTAAGATAAACGCTATCGTCAGTGTCGCCGTCTTCATTCCATGAACGCTGGGCACTGACACTGTAGCTGCCCCAGGATGTACTGTTACTGTAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAA‑TCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAATTACGCATGGATTTCGGTTCAAGATCTTGTTCGGGATGTTTCACTTCATCAATTAGAGTTAGTGCATCATTAAGACCAAGGTAATTCTGTGTCGAATAGCGATAGGCCGCGATATTCAGTGAAGTACTTGTTTCTTCGAATAACTTGTTCCAGGAAACACGATAACTTTGCCCCTGGTATGTTTTATCATCCGGGATACGAACAT > NC_000913/153621‑154138 | tATTTTAGTATCAATACTCTGGAAACCGGAAGTACTTTGTTTAGTGCGAAGTAATTTTTGAATTGGAATGGTGAAACTAAGATAAACGCTATCGTCAGTGTCGCCGTCTTCATTCCATGAACGCTGGGCACTGACACTGTAGCTGCCCCAGGATGTACTGTTACTGTAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGACCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGACAGATAAAATGAACCGTAA‑TCTTTTTTCTCAAATTTCAACggttggt < 2:378448/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |