| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,818,009 | A→T | 5.7% | intergenic (‑151/+48) | argQ ← / ← argZ | tRNA‑Arg/tRNA‑Arg |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,818,009 | 0 | A | T | 5.7% | 197.7 / 3.2 | 70 | intergenic (‑151/+48) | argQ/argZ | tRNA‑Arg/tRNA‑Arg |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/34); new base T (2/2); total (34/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
ACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTGA‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAA > NC_000913/2817736‑2818280 | aCCGCTATCGCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTGA‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGTATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTaa < 1:1032641/274‑1 (MQ=255) 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acgggtaaTATGGGGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGTTTGGTTCGCGGCCGAGTACTCTATCCAGCCGGGCTACGGATGCATCGGGAATACTTATTCTACTGCTGA‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGAGCAGCAGGGAGGATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGAtt < 2:873407/269‑1 (MQ=17) ggATAATAGTGTGCATCCGGGAGGATTCGAGCCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTGA‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTc < 1:632839/275‑1 (MQ=255) gataaTATGGTGCATCCGGGAGGATTCGACCCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGATTCCTCTATCCAGCTGAGTTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTGA‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCg < 1:273388/272‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cATCCGGGAGGATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTActg < 1:1012375/228‑1 (MQ=255) tCCGGGAGGATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCCT‑CCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAACTTTATTTTACTTCTGATATTGATCCCGCTACTAAAGc > 2:505795/1‑250 (MQ=11) ccGGGAGGATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGa < 2:155317/112‑1 (MQ=255) tACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGACATTTATTTTACTGCTGATATTGATCCCGCTACTAAAGc > 1:358693/1‑240 (MQ=255) cTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCCTCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTTATACCGCTACTAAAGCCATATCCAGTAAGCAATTGTGCATCCggtcggaatc > 2:1064996/1‑266 (MQ=255) ccctGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGTGACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAAcc < 1:566860/272‑1 (MQ=255) gggcattGCTAAAGCAACGTTATCTT‑CCCTACTGCCTGCTGTTAATTCAGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATAGGGTGCATCCGGGCGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTGCGTATCCGAGTACTCTAACCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATATTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTa < 2:386290/270‑1 (MQ=18) 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gatcat‑cCCTTGGGCGTGTGATTAATTTCGTTGCCACTTTGATGCCTTCCGTGATAAAGATGTCGGGGGATATGGTGCATCCGGCAGGATGCGATCCTCTGCTCGGGCTGTGCGTAGCCGAAGATTTGATCCAGCTCGGCCTCGGATGCATTGTGGAAGGTGTATTACTGCCGATATTGATACCGTTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCt < 2:79150/274‑1 (MQ=16) aGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTACGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCCCCGACCGCCCGGTTCGTAGCCgcagctcctaccctgttgagctccggt > 1:1062648/1‑249 (MQ=17) aGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCAGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGa > 1:256218/1‑275 (MQ=255) tGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGACCCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCGACTAAAGCCATATAAAGTAAGAGATGGTGCTTCCGGGAGGATTCGAACCCCCGACGGCTCGGTTCGGAGCCGCAGACTCTATCCAACTGACCTCCGGAGGCAt > 1:613651/1‑274 (MQ=17) tGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGCAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGATCCTAAAACCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATGCGTGCGGATTCGAAGCTCCGACCGCTCGGGTCTTAGCCGAGTCCTTTGTACAGCTGAGCTACggctccacc > 1:229745/1‑268 (MQ=17) tGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTACCCAGCTGAGCTACGGATTCATc > 1:388021/1‑275 (MQ=255) tGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACCGATGCATCGGGAAATGTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTACGAGATGGTGCACCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGGTTGGTACGTAGCCGAGTACTTTTTCCTGCTGAGCTACGTATGCacc > 1:59420/1‑273 (MQ=17) ttAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATGTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGaa < 1:1031980/275‑1 (MQ=255) | ACCGCTATCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGGTTACGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAAACTTATTCTACTGCTGA‑‑TATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAATTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCG‑CCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCC‑GTTGCTAAAGCAACGTTATCAT‑CCCTAGTGCCTGCGGTTAATTCCGCTACCTCTTCGATACCTTCATTGCTGAAGATTTCGGAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAATTTATTTTACTGCTGATATTGATACCGCTACTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAA > NC_000913/2817736‑2818280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |