| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,969,474 | T→C | 6.1% | intergenic (‑499/‑186) | rppH ← / → mutH | RNA pyrophosphohydrolase/methyl‑directed mismatch repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,969,474 | 0 | T | C | 6.1% | 225.1 / 3.2 | 72 | intergenic (‑499/‑186) | rppH/mutH | RNA pyrophosphohydrolase/methyl‑directed mismatch repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/29); new base C (2/2); total (38/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
AGCCCGATATAGACATTTTAAAATATTCATTATCAGTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGAT‑AACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGACATGTCCCAACCTCGCCCACTGCTCTCTCCTCCCGAAACTGAAGAACAGTTGTTAGCGCAAGCACAGCAACTTTCTGGTTA > NC_000913/2969208‑2969739 | aGCCCGATATTGACATTTTAAAAGATTCATTATCATGCAATGCAGTACATGTAATTTTAGTAATTAAAAAGAGTAATTCGTGACCCATGT‑‑‑‑CCTCTCAGTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTAACCACAGAATGTGCCACTAAGGTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGTAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGAT‑AACATGGTGTAAGATc < 2:622825/274‑1 (MQ=255) 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AGCCCGATATAGACATTTTAAAATATTCATTATCAGTCAATGCATTACATGTAATTTTAGTAATGAAAAAGAGTAATTCGTGACCCAGGTCACACCTCTCATTTACGGGTTGGCGAAAGATCAACCAATGCCGTATTTATCCACAGAATGTGCCACTAAGTTAAGCACTGAACCACTAAAAACTGGAGTTTCGTCGCACGTCAAGGCTGTAAATGGAAACAGTAGTGGAGGTTTTTCACAGTTATCCCAGCTTTCTGTGGAT‑AACATGGTGTAAGATCCTGTTTATTTTCAGTGACCAGATTTGGAAAACCCGTTGCAGTGTTGCGCAACTCGATTACCGGCAACCTAAAAAGCAATATAAATCAGAGAATTGAACAACGCATGTGGAAAAAGTTACACTGCGAATATTCGGCACATAATTGCTGTTTGTTTTTTAATCAAGGTATCATGACATGTCCCAACCTCGCCCACTGCTCTCTCCTCCCGAAACTGAAGAACAGTTGTTAGCGCAAGCACAGCAACTTTCTGGTTA > NC_000913/2969208‑2969739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |