Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,495,036 | C→A | 10.6% | A343E (GCA→GAA) | nirB → | nitrite reductase, large subunit, NAD(P)H‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,495,036 | 0 | C | A | 10.6% | 331.7 / 2.3 | 134 | A343E (GCA→GAA) | nirB | nitrite reductase, large subunit, NAD(P)H‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/45); new base A (2/16); total (71/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.37e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GGTCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACTGGTGCTGAACGCTATCGAACTGCCGGAAAACCCGGATTCCCTGATCCTGCCAGCACACTCGGGTAGCGGCAAGCCGTCTATCGGTGTTGATAAACTGCCGGACAGCGCGCAAATCTGCTCCTGCTTCGACGTCACCAAAGGT > NC_000913/3494768‑3495307 | ggTCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATT‑GTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTGTATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAg < 1:204917/275‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |