| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,292,123 | A→G | 10.0% | I205V (ATC→GTC) | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,292,123 | 0 | A | G | 10.0% | 373.3 / 3.1 | 153 | I205V (ATC→GTC) | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/74); new base G (11/6); total (70/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CATGCTCGCCGCACTGCTACTGTTTGTGGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCACTGGTCGCTGTTGCTGGCGATAGTTACTCTGATGCTGTCGCTGCTGGGCACCTTAATTGTCCGTTCTGGCATTCTGGTTTCGGTTCATGCGTTCGCGCTGGATAACGTCCGCGCCG > NC_000913/4291852‑4292393 | cTCGCCGCACTGCTACTGTTTGTGGTGCTGTGGTCCGATCACTTCGTGCGGATATTTCAACCAGCAATCGAAGGACGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTAATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGGGGCGAGCGTGGCGCTGGGGAGTCTACTGAGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCGGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGGGCATTAAGGGCGGGGATCATCCt > 1:625650/1‑275 (MQ=255) actgccgtAGTGCTACTCTTGTGGGTGCTGGTGGCCTATCGCTGCGTGCGGATTTGTCCACCAGGAATCGAAGTCCGCGATCTCAACCGTATGCTGCAACATCCCGGTCGTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTGGAGGGTAGCGGCGATCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGGGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTGCCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCt < 2:218653/272‑1 (MQ=255) cggcACTCCTACTGTGTGGGTGGCAGTGGTCCGATCACTGCGTCCGGATAATTCCACCAGCAATCGAGGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTTCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGCGCGTGGCGCTGGCGAGTCTTCTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCGGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGt < 2:293375/273‑1 (MQ=255) tgtcatggtcccgcttgagtgtccgtgGGCCGTCCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCTGCAACCTAAGTCCCCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCTTTCACCGCTGCTGTACCTTGTCTATGGCGGTTTGAGGGTAGCGGCGAGCGTTGCGCTTGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGtt < 2:837359/251‑1 (MQ=255) aCTGCTACTGTTTGTGGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGTTGGAGTGCATTAACGGCGGGGGTCATCCTCGGTTCCt > 1:36305/1‑275 (MQ=255) tGTTTGTGTTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTGATCTTTCATCCCCCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGcc < 1:658947/275‑1 (MQ=255) tGTTTGTGGGTCTGTTGTTCGGGCCCTTCGTGCGAGTATTTCCACCAGCACTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGAGGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTTATGGGAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGGGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGcc < 1:1033455/275‑1 (MQ=255) tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGCTGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGCGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTCGTGGCGCTGGGCCTTCCCGTGTCGGTGTGCCTTAACGCCGGGGACTCCCCTCGGTTCCTGTCGGGccccct > 2:553701/1‑271 (MQ=255) tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGCGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTACCGGCGGGGAGCATTCGCGGTTCCGGGTGGGCCTACt > 1:458901/1‑275 (MQ=255) tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTTACGGCGGGGCGCACGCTCGGTTCCTGGGGGGCCTTCt > 2:518489/1‑275 (MQ=255) tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTTCTGGGGGGCCTACt > 1:822639/1‑275 (MQ=255) tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCCCTGGCGAGTCTACTGCCCGGAGAGTTTGATGGTGCCGGCGCCCGAATTTGCTGGCGCCGGGCGTTCCCTGGCTGGCGTGCCTTCACGGCGGGGACCCCCCACCGTCCCGGGTGGGCCCAcc > 2:23641/1‑274 (MQ=255) ggtgCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGACCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGGGTGATTTACCGGCGGGGGACATCCTTGGTTACTTGTTGGccgtgtcc > 1:837360/1‑268 (MQ=255) 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tgGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTCCCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGACCATCTCCGGGTCCCGGTGGGCCTaacggccactcgg > 2:783643/1‑263 (MQ=255) tgGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGA‑ACTCgg > 1:376334/1‑275 (MQ=255) gggTCCGATCCCTTCGGGCGGAGATTTCCACCAGGAATGGAAGGCCTCGACCTCAATCCGATGCTGCAGCATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTGGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCgg < 1:492193/274‑1 (MQ=255) 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tctggCGGTTATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGTGGCGGGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCt‑gg < 1:1027441/271‑1 (MQ=255) tCGTGCGGCTATTTCCACCAGCAATCAAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCCTCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCt‑gg < 1:843865/275‑1 (MQ=255) gCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAGTTTGCTGGCGCTGGCGGTTACCTGGCTGGAGTGCATTACCGGCGGGGGACAATCTCGGTGCCTGGGGGGCCGACTGCCACACT‑GGCTGGGGGGGCc‑ggtggg > 2:685348/1‑274 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGGTCCTGGGGGGCCTCCTGCGA‑ACTGGGCGGGGGGGGCG‑GGTGGGTCTggggt > 2:317911/1‑272 (MQ=255) accaccgGCAATCGAAGGCCGCGATCCTGATCCGATGGTGCAATATGCCGGTGTTAGCTTGCATCCACCGGTGCTTGAGCTTGGCGATGGCGGTTTGGTGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGGGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCGCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATc < 2:610841/274‑1 (MQ=255) aaTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGCATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGCTCATACTCGGTTTCTGGTGGGCCTACTGCGC‑AATCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGGTCCGGTGGaaa > 1:506815/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |