| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,096,485 | A→T | 2.6% | I215F (ATT→TTT) | ycdU → | putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,096,485 | 0 | A | T | 2.6% | 565.7 / 3.1 | 152 | I215F (ATT→TTT) | ycdU | putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/73); new base T (2/2); total (77/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CGTTATATGCGCTGTTCCTGATTTCGTTACTTGGGCCGTTGGTCATCTTTCTGCTGTTTCGGATGATCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCTTTTCTGGGCAGGCTTTTTTTGCAGGAAATCGATCTGTTTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCAT > NC_000913/1096198‑1096772 | cTGATTTCGTTACTTGGGCCGTTGGTCATCTTTCTGCTGTTTCGGATGATCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTgc < 1:495586/289‑1 (MQ=255) ttaTTTCGTTACTTTGGCCCTTGGTCATCTTTCGGCTTGTTCGGATGATCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTgcg < 2:302615/287‑1 (MQ=255) tGAGTTCGTTACTTGGGCCGTTGGTCATTGTTCTGCTGTTTCGGAGGATCCGAACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCAGCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTgcg < 2:731844/289‑1 (MQ=255) aTTTCGTTACTTGGGCCGTTGGTCATCTTTCTGCTGTTTCGGATGATCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCt > 1:501800/1‑289 (MQ=255) ttACTTGGGCCGTTGGTCATCTTTCTGCGGTTTCGGAGGATCCGAACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTcc < 2:389409/288‑1 (MQ=255) cGTTGGTCAGTTTTCGGCTGTTTCGGATGATCCGAAGCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACg < 2:766099/288‑1 (MQ=255) tGGTCATCTTTCTGCTGTTTCGGATGATCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCttt > 2:374885/1‑289 (MQ=255) tCTGCTGTTTCGGATGATCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTCATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCTTTTCTGGGCAgg > 2:842423/1‑289 (MQ=255) ggATGATCCGCAACAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCTTTTCTGGGCAGGCTTTTTTTGCa < 2:1173753/289‑1 (MQ=255) tCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCTTTTCTGGGCAGGCTTTTTTTGCAGGaaa > 2:612526/1‑288 (MQ=255) tCCGCACCAGTTATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCTTTTCTGGGCAGGCTTTTTTTGCAGGaaa > 2:363057/1‑288 (MQ=255) ttATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTgcg < 1:717748/231‑1 (MQ=255) ttATGTCAAGCAGGTCGCTATTTCAGTAGCGAAAAAAGTAAAATATAAAAGTCTGACTCGCTATGTGCTGCTTTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTgcg > 2:717748/1‑231 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |