| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,268,239 | T→C | 4.2% | M376T (ATG→ACG) | tyrB → | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,268,239 | 0 | T | C | 4.2% | 341.4 / 3.0 | 96 | M376T (ATG→ACG) | tyrB | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/56); new base C (2/2); total (38/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
CGCCGCAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCAGGAATTGGTGAAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCAT > NC_000913/4267953‑4268519 | cgccgcAACTACTCCAGCCCGCCGAATTTTGGTGCGCAGGTGGTGGCTGCAGTGCTGAATGACGAGGCATTGAAAGCCAGCTGGCTGGCGGAAGTAGAAGAGATGCGTACTCGCATTCTGGCAATGCGTCAGGAATTGGTGAAGGTATTAAGCACAGAGATGCCAGAACGCAATTTCGATTATCTGCTTAATCAGCGCGGCATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCATGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCAtgt < 1:228830/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |