| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,745,087 | A→C | 10.0% | V84G (GTG→GGG) | trmD ← | tRNA m(1)G37 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,745,087 | 0 | A | C | 10.0% | 269.3 / 2.2 | 100 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/10); new base C (5/8); total (82/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACC‑TTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCG‑CTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCG‑CCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCG‑TCCACGGTACGGTGCCGGTCAT‑GCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAG > NC_000913/2744855‑2745316 | ccccctttcctccGGAAAAAACCGGGAAACGGGTGCAATCACGGTCCTTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGGCCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATTCC‑TTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCG‑CTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTg < 1:1129400/228‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |