Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,777,457 | A→C | 15.3% | T3P (ACT→CCT) | ypjF → | CP4‑57 prophage, toxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,777,457 | 0 | A | C | 15.3% | 234.1 / 3.9 | 103 | T3P (ACT→CCT) | ypjF | CP4‑57 prophage, toxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/29); new base C (3/16); total (55/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAG‑ATAGAGTCGATGCTGACCACTGGT‑GAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCC‑TGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGT‑AGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTA‑CCCCACTC‑AACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCAT‑GAACACTCTA‑CCTGCTACAATTTC‑GCAGGCGGCGAAG‑CCCTGCCTGTCGCCAGTGGCTGTCTGGCAAATGCTACTGAC‑ACGCCTGCTGGAACAACACTATGGCCTGACACTGAACGACACGCCGTTCAGTGATGAAACTGTTATTAAGGAACATATCGATGCTGGTATCACTCTGGCCGATGCAGTCAATTTTCTGGTGGAAAAGTACGAACTGGTACGTATCGATCACAGAGGATTTTC > NC_000913/2777226‑2777692 | tttgttatgtgccccgaattttCCTAGGTTGGTTTTGGT‑TTTCCATCATTTATCCGCCAGTATAGAGCCGTTGCTGACCCCTGGT‑AACCTGACTCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCC‑TGTACCACAACGGTTTTCCCTGCGAAGCCGATACTCTTGGT‑AGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTA‑CCCCACTC‑AACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCAT‑GAACACTCTA‑cc < 1:1054872/218‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |