| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,438,595 | G→T | 6.1% | A18E (GCA→GAA) | arfA ← | alternate ribosome‑rescue factor A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,438,595 | 0 | G | T | 6.1% | 410.6 / 2.2 | 134 | A18E (GCA→GAA) | arfA | alternate ribosome‑rescue factor A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/67); new base T (5/8); total (59/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CCTGCACCAACTAAAGAAGAAGTATTACTGACAGAAATTCGTGATTTGCTGAAAGAGCAGAATAACCGCTCTTAACAAGCGCCTGAAAGCAGAAGACCAGTGGTAAAAAAGTGATTTACTTTCTTGCCACTGGCCTCCCAGTTCCCCCGATTGCCATGTTTTCCTTTTCGCATGTAACTGCCTTTCCCCTTCTTATTTTTCTCTACGCGCTGTCGGAATAAGGGATCATGTAGTAATGCTTCTATCGCATTATCCTTTATCTGCCCTTTAGTATGCTGATATCGACTCATAAAAACTCCAGTTGGTTATTTAACGGCGCGAGTGTAATCCTGCCAGTGCAAAAAATCAACAACCACTCTTAACGCCACTCGCCCCTTGTTCAAGAGCTTCAAGAATCGAACAATAAACACTGCTATGAGCAGTCCCACAACAGGCATCGTTAAGGCGTTGCAAGGAACGCTGCATACTCTGCAA > NC_000913/3438358‑3438831 | ccTGCACCAACTAAAGAAGAAGTATTACTGACAGAAATTCGTGATTTGCTGAAAGAGCAGAATAACCGCTCTTAACAAGCGCCTGAAAGCAGAAGACCAGTGGTAAAAAAGTGATTTACTTTCTTGCCACTGGCCTCCCAGTTCCCCCGATTGCCATGTTTTCCTTTTCGCATGTAACTGCCTTTCCCCTTCTTATTTTTCTCTACGCGCTGTCGGAATAAGGGATCATGTAGTAATGc < 2:692651/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |