Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,499,701 | G→T | 11.4% | intergenic (+88/‑207) | yhfL → / → frlA | small lipoprotein/putative fructoselysine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,499,701 | 0 | G | T | 11.4% | 213.4 / 3.9 | 85 | intergenic (+88/‑207) | yhfL/frlA | small lipoprotein/putative fructoselysine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/47); new base T (7/3); total (33/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAG‑AAATCGGCTAAC‑ACCGGTTTAA‑TTGCCC‑GACGCCCTCTGGATTTTC‑CGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTG‑‑CCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATAT‑GTTGTTATATTCATCATGCATTGTCATGTTACCTTTTAAATGACTGCAAACT‑CTCCCCTACAACGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTC > NC_000913/3499470‑3499937 | gtgtgggttttgtaaagagacaagTTAAATGTATTTACGGGTCATATTGAAAACCGTAATAAGAACTGCTCTTACGACTACCGGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAG‑AAATCGGCTAAC‑ACCGGTTTAA‑TTGCCC‑GACGCCCTCTGGATTTTC‑CGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTG‑‑CCcccgc < 1:847671/216‑1 (MQ=255) 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CTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAG‑AAATCGGCTAAC‑ACCGGTTTAA‑TTGCCC‑GACGCCCTCTGGATTTTC‑CGAGGGCGTA‑TTTGTTTCTATGTCCTTC‑TTG‑‑CCCCCGCCCGTAAAAATATTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACATCCATTAGCCACAGCGCGATCC‑TGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATAT‑GTTGTTATATTCATCATGCATTGTCATGTTACCTTTTAAATGACTGCAAACT‑CTCCCCTACAACGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTC > NC_000913/3499470‑3499937 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |